There is one web-server in our lab.<br><a href="http://10.188.1.15/3dss/">http://10.188.1.15/3dss/</a><br>Use third option.<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 7, 2010 at 2:41 PM, Anupam Nath Jha <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:anupam@mbu.iisc.ernet.in">anupam@mbu.iisc.ernet.in</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
Dear all<br>
<br>
How can we calculate the rmsd between different monomers from of a protein. for<br>
example I have a tetramer and I have to calculate the rmsd between chain A to B,<br>
A to C and A to D with time.<br>
<br>
I was trying using g_rms but couldn&#39;t do that.<br>
<br>
thanks with regards<br>
anupam<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Science is facts; just as houses are made of stone, so is science is made of<br>
facts; but a pile of stones is not a house, and  a collection of facts is not<br>
necessarily science.<br>
<br>
Anupam Nath Jha<br>
Ph. D. Student<br>
Saraswathi Vishveshwara Lab<br>
Molecular Biophysics Unit<br>
IISc,Bangalore-560012<br>
Karnataka<br>
Ph. no.-22932611<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
This message has been scanned for viruses and<br>
dangerous content by MailScanner, and is<br>
believed to be clean.<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Yours Sincerely,<br>Shankar Prasad Kanaujia<br>Research Student<br>C/O - Dr. K. Sekar<br>Bioinformatics Centre, SERC<br>Indian Institute of Science, Bangalore-12<br>
Phone - 9480258032<br>Office - 080-2293-3059<br>