hi all<br><br> i'm doing simulation for complex structure (protein length around 1020). while running mdrun for position restrain it shows error like this<br><br><br><br>Step 434, time 0.868 (ps) LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 1818.708939, max 108974.859375 (between atoms 1917 and 1918)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length<br>
2873 2875 90.0 0.1503 0.1088 0.1000<br> 1930 1932 66.8 0.1764 0.2060 0.1470<br> 1930 1931 69.3 0.1413 0.2511 0.1000<br> 1925 1927 33.2 0.1241 0.1563 0.1250<br>
1925 1926 54.0 0.1238 0.1773 0.1250<br> 1924 1925 50.0 0.1514 4.6004 0.1530<br> 1923 1924 156.4 0.2264 20.8825 0.1530<br> 1921 1923 139.8 0.2458 45.8946 0.1470<br>
1921 1922 116.5 0.1880 34.8778 0.1000<br> 1919 1920 42.5 0.2799 206.5039 0.1230<br> 1917 1919 83.9 0.3952 1749.0353 0.1530<br> 1917 1918 90.2 0.7744 16673.3066 0.1530<br>
1915 1917 96.0 0.5866 1624.9022 0.1470<br> 1915 1916 93.7 0.2045 470.1029 0.1000<br> 1913 1915 88.9 0.3074 522.5389 0.1330<br> 1913 1914 115.2 0.3731 11.2578 0.1230<br>
1912 1913 117.0 0.1173 11.5079 0.1530<br> 1910 1912 91.5 0.1471 80.4026 0.1470<br> 1910 1911 128.1 0.1822 34.9078 0.1000<br> 1908 1910 90.1 0.1345 6296.6333 0.1330<br>
1908 1909 89.0 0.1590 6080.4458 0.1230<br> 1905 1906 90.2 0.0989 642.7140 0.1000<br> 1904 1907 90.0 0.1530 7623.7417 0.1530<br> 1904 1905 90.0 0.1416 7605.1113 0.1430<br>
1903 1908 89.3 0.1776 7638.7241 0.1530<br> 1903 1904 90.0 0.1665 4890.0454 0.1530<br> 1901 1903 91.3 0.1556 8921.3604 0.1470<br> 1901 1902 65.9 0.1047 59.7358 0.1000<br>
1899 1900 176.1 0.1212 121.1425 0.1230<br> 1894 1899 34.3 0.1521 87.4365 0.1530<br> 1894 1895 90.5 0.1513 11.8270 0.1530<br> 1892 1894 107.0 0.1453 12.1096 0.1470<br>
1892 1893 76.7 0.0988 1.3052 0.1000<br> 1890 1892 49.3 0.1318 1.3995 0.1330<br> 1890 1891 57.8 0.1215 0.0482 0.1230<br> 1886 1890 34.4 0.1511 0.0948 0.1530<br>
1437 1438 69.2 0.0989 0.2078 0.1000<br> 1436 1437 89.7 0.1345 0.2161 0.1360<br> 1434 1436 62.0 0.1375 0.0617 0.1390<br> 1434 1435 39.0 0.1078 0.1438 0.1090<br>
1432 1436 91.0 0.1375 2.8230 0.1390<br> 1432 1433 90.7 0.1078 1.1621 0.1090<br> 1430 1434 102.3 0.1375 0.2004 0.1390<br> 1430 1431 94.7 0.1078 0.1235 0.1090<br>
1428 1432 89.2 0.1375 2.1372 0.1390<br> 1428 1429 91.2 0.1078 1.6125 0.1090<br> 1427 1430 87.0 0.1375 0.9626 0.1390<br> 1427 1428 92.1 0.1375 1.8618 0.1390<br>
1426 1427 93.3 0.1514 0.8468 0.1530<br> 8326 8328 89.9 0.4409 1.1304 0.1000<br> 8326 8327 90.1 0.4916 0.2944 0.1000<br> 8324 8326 90.3 0.1156 0.2084 0.1330<br>
8324 8325 88.6 0.1134 0.1387 0.1230<br> 8323 8324 48.0 0.1226 0.2008 0.1530<br> 8322 8323 31.2 0.1656 0.1504 0.1530<br> 8320 8321 38.4 0.1375 0.0957 0.1000<br>
8091 8092 38.4 0.0991 0.1000 0.1000<br> 8001 8002 90.0 0.0982 0.1635 0.1000<br> 7838 7840 90.1 0.1018 0.1239 0.1000<br> 6599 6600 38.1 0.0990 0.1002 0.1000<br>
5583 5585 89.9 0.0983 0.1465 0.1000<br> 5524 5525 38.7 0.0992 0.1004 0.1000<br><br>t = 0.868 ps: Water molecule starting at atom 36658 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br><br>wat should i do.i carried out mdrun for 10ps nsteps=5000. can any one help me to overcome this error. thanks in advance.<br><br><br clear="all"><br>-- <br>With Regards,<br>
<br>Manjulakasinathan<br>