<div>you said you have used online server for superimposition ...<br></div><div>which one you used...</div><div>try TOPMATCH server....</div><br><div class="gmail_quote">On Sun, May 9, 2010 at 5:31 PM, Anupam Nath Jha <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:anupam@mbu.iisc.ernet.in">anupam@mbu.iisc.ernet.in</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><br>
Ok.<br>
<br>
But when I run this command<br>
<div class="im">g_rms -s setp_0.pdb -f setp_0.pdb -n ca_ind.ndx -o out<br>
<br>
</div>it ask me groups... and that i thought is for fitting///<br>
<br>
for example -<br>
<br>
------------------------<br>
Select group for least squares fit<br>
Group     0 (C-alpha_chain1) has   249 elements<br>
Group     1 (C-alpha_chain2) has   249 elements<br>
Group     2 (C-alpha_chain3) has   249 elements<br>
Group     3 (C-alpha_chain4) has   249 elements<br>
Select a group: 0<br>
Selected 0: &#39;C-alpha_chain1&#39;<br>
Select group for RMSD calculation<br>
Group     0 (C-alpha_chain1) has   249 elements<br>
Group     1 (C-alpha_chain2) has   249 elements<br>
Group     2 (C-alpha_chain3) has   249 elements<br>
Group     3 (C-alpha_chain4) has   249 elements<br>
Select a group:1<br>
Selected 1: &#39;C-alpha_chain2&#39;<br>
<br>
---------------------------------<br>
<br>
Is it not superimposing these two chins and calculating RMSD between them???<br>
<br>
--<br>
<font color="#888888">anupam<br>
</font><div><div class="h5"><br>
<br>
&gt; On 9/05/2010 9:29 PM, Justin A. Lemkul wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Anupam Nath Jha wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Anupam Nath Jha wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Dear all<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I made an index file with 4 different groups for 4 different chains<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; (since my<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; protein is a tetramer) and then run<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; g_rms -s setp_0.pdb -f setp_0.pdb -n ca_ind.ndx -o out<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; to get the rmsd between two different monomers from the same structure,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; it asked me two different groups and I gave 0 and 1.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; The output file is like this<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; # g_rms -s setp_0.pdb -f setp_0.pdb -n ca_ind.ndx -o New<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; #<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; # g_rms is part of G R O M A C S:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; #<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; # Grunge ROck MAChoS<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; #<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; @ title &quot;RMSD&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; @ xaxis label &quot;Time (ps)&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; @ yaxis label &quot;RMSD (nm)&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; @TYPE xy<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; @ subtitle &quot;C-alpha_chain2 after lsq fit to C-alpha_chain1&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.0000000 0.0000001<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; In the command you&#39;ve given (with the same file for -s and -f),<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; you&#39;re computing<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; the RMSD at time zero, after fitting to the structure at time zero,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; so the RMSD<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; must be zero.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; but I am giving different groups (as chains). I am trying to get RMSD<br>
&gt;&gt;&gt; between<br>
&gt;&gt;&gt; two monomers in same structure so what&#39;s wrong in that....<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; It doesn&#39;t matter. The structure for calculation (-f) and the reference<br>
&gt;&gt; structure (-s) are identical, so the RMSD has to be zero, regardless of<br>
&gt;&gt; the fitting group and calculation groups chosen.<br>
&gt;<br>
&gt; Exactly. Only if you can fit group A from one file to group B from a<br>
&gt; file (which may or may not be the same file) can Anupam do this<br>
&gt; calculation. g_rms seems not to allow this.<br>
&gt;<br>
&gt; Instead, Anupam should use trjconv or editconf to select groups<br>
&gt; beforehand, as I think I suggested a few days back. Thus (say) editconf<br>
&gt; produces file_with_group_A.pdb and editconf produces<br>
&gt; file_with_group_B.pdb, which allows g_rms -f file_with_group_A -s<br>
&gt; file_with_group_B. This will work if the two groups have the same atoms<br>
&gt; in matching orders, which should be the case for a tetramer setup.<br>
&gt;<br>
&gt; Mark<br>
&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; so the rmsd = 0.0000001<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; whereas when I use online server it gives me 1.4.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; so what am I doing wrong?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Then whatever you&#39;re giving the online server is different. The Gromacs<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; calculation seems to be correct.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -Justin<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; regrads<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; anupam<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; ========================================<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Virginia Tech<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; ========================================<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; posting!<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; This message has been scanned for viruses and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; dangerous content by MailScanner, and is<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; believed to be clean.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; This message has been scanned for viruses and<br>
&gt; dangerous content by MailScanner, and is<br>
&gt; believed to be clean.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
--<br>
</div></div><div class="im">Science is facts; just as houses are made of stone, so is science is made of<br>
facts; but a pile of stones is not a house, and  a collection of facts is not<br>
necessarily science.<br>
<br>
Anupam Nath Jha<br>
Ph. D. Student<br>
Saraswathi Vishveshwara Lab<br>
Molecular Biophysics Unit<br>
IISc,Bangalore-560012<br>
Karnataka<br>
Ph. no.-22932611<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
</div><div><div class="h5">This message has been scanned for viruses and<br>
dangerous content by MailScanner, and is<br>
believed to be clean.<br>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharath.K.Chakravarthi<br>Ph:9535629260<br>