<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">


        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.1  (Unix)">
        <style type="text/css">
        <!--
                @page { margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
        </style>

<p style="margin-bottom: 0in;">Dear Gromacs Users,<br><br>I simulated
two homologous  (proteins) , and noticed after the simulation that in
one trajectory, the protein is stored as ABCXYZ and in another it is
as AXBYCZ. (where A, Z are chain information, ABC is a trimer and XYZ
is another trimer, so the system is a trimer-trimer complex)</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">I should not have any issues for most
of my trajectory analysis. But when I wanted to get a correlation
plots of the CA-CA from the covariance matrix, the plots cannot be
compared, as the information in the trajectory is different.</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">So is there a way that I can convert my
trajectory from ABCXYZ to AXBYCZ. 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">Thank you,</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">nahren</p>
</td></tr></table><br>