Dear Gromacs Users,<br>   I have a simulation of a protein in Truncated Octahedron box. I want to calculate the water residence times and mean square displacements (of water) around the active site residues. We developed our own algorithm for doing the same.<br>
In earlier simulations I had cubic box and anint() function was working for the periodic boundary conditions. Now that I have truncated octahedron box, is there any function to my rescue? I searched the gromacs forum and could not find any function. Is there any way to circumvent this problem?<br>
<br>Sorry if this is a repost.<br><br>Thanks for your time.<br><br>Regards<br>Ying-Hua<br>