<br><div class="gmail_quote">Hi, <br><br>I&#39;m performing a 10 ns molecular dynamics of a homodimer, using GROMACS. I have no problems during and after the simulation, since I have already analyzed the log files and performed the checking. I was able to see, without any problems, the whole concatenated trajectory file with VMD 
software. However, when I tried to visualize with PyMol, occurs some problems in the last frames, like wrong bonds and dismantlement of my dimer. I&#39;m already use the parameters <i>-pbc mol</i> and <i>-pbc nojump</i> with trjconv. Any idea? <br>


<br>Thanks in advance,<br><br>Mauricio <br>
</div><br><br clear="all"><br>