Dear gmx users,<br><br>I tried to generate a stack of molecules using<br><br><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 11"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 11"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5Cmoeed%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-font-alt:"Arial Unicode MS";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:roman;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"DejaVu Sans";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:auto;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"DejaVu Sans Mono";
        mso-font-alt:"Arial Unicode MS";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:modern;
        mso-font-pitch:auto;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"\@Nimbus Roman No9 L";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:roman;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"\@DejaVu Sans Mono";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:modern;
        mso-font-pitch:auto;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"\@DejaVu Sans";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:auto;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:none;
        mso-hyphenate:none;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-fareast-font-family:"DejaVu Sans";
        mso-hansi-font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";
        mso-ansi-language:EN-CA;
        mso-fareast-language:#00FF;}
p.PreformattedText, li.PreformattedText, div.PreformattedText
        {mso-style-name:"Preformatted Text";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:none;
        mso-hyphenate:none;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-fareast-font-family:"DejaVu Sans Mono";
        mso-hansi-font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-bidi-font-family:"DejaVu Sans Mono";
        mso-ansi-language:EN-CA;
        mso-fareast-language:#00FF;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;
        mso-header-margin:.5in;
        mso-footer-margin:.5in;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

<p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><b><span style="">genconf_d -f Hexane.gro -nbox 4.0 8.0 8.0 -dist 1.1 0.55 0.55 -o
Hexane-stack.gro</span></b></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">I ran the MD simulation successfully but now I want to change the number of molecules so that I get the desired system  density. To do so I played a bit with -dist and -box options but I find it not easy to reach desired  density. I need to have nearly 7 molecules per nm^3. </p>
<p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">Regarding genbox program in the literature I see that  it is recommended for solvation of a solute in water. (The reason I want to try this is because it seems I can directly enter the number of molecules with -nmol option)<br>
</p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">1-I am sorry for asking ridiculous questions but does it make sense if I use genbox and I ask the program solvate a single hexane molecule with hexane molecules?<br>
</p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">genbox –cp Hexane.gro –cs HExane.gro –p Hexane.top –o solvated.pdb  <br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">
(although this command line is not working I want to know if there is any way to modify the command to get it working or my idea is totally wrong!)<br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">
2- Initialiy one single hexane molecule is in a box of 3*3*3 nm^3 (Hexane.gro). What is the best approach for doing such calculations. Can I take any arbitrary box size and then based on the box size put a specific No. of particles in it so that I get density?<br>
</p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">Thank you,<br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">
<br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br></p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;">Hexane.gro:</p><p class="PreformattedText" style="text-align: justify;"><br><b><span style=""></span></b></p>


Glycine aRginine prOline Methionine Alanine Cystine Serine<br>   20<br>    1HEX     C1    1   1.786   1.639   1.501<br>    1HEX    H11    2   1.881   1.608   1.500<br>    1HEX    H12    3   1.768   1.696   1.421<br>    1HEX    H13    4   1.770   1.692   1.584<br>
    1HEX     C2    5   1.693   1.518   1.499<br>    1HEX    H21    6   1.711   1.461   1.579<br>    1HEX    H22    7   1.710   1.465   1.416<br>    1HEX     C3    8   1.547   1.561   1.501<br>    1HEX    H31    9   1.528   1.617   1.420<br>
    1HEX    H32   10   1.530   1.615   1.584<br>    1HEX     C4   11   1.454   1.440   1.500<br>    1HEX    H41   12   1.472   1.384   1.581<br>    1HEX    H42   13   1.472   1.386   1.418<br>    1HEX     C5   14   1.307   1.483   1.501<br>
    1HEX    H51   15   1.289   1.539   1.420<br>    1HEX    H52   16   1.289   1.537   1.583<br>    1HEX     C6   17   1.214   1.361   1.500<br>    1HEX    H61   18   1.119   1.392   1.501<br>    1HEX    H62   19   1.231   1.307   1.418<br>
    1HEX    H63   20   1.232   1.305   1.581<br>   3.00000   3.00000   3.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000<br><br><input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML">
</div>