Chris, <br><br>I understand, Sorry for that . Actually I mixed up the concept of SteeredMd with umbrella sampling. So I was confused whenever you people gave suggestions. <br><br>Now I thing I got the  idea , Thanks for you people. I will try myself and see. Thanks once again. <br>
<br>-Aswathy<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 11, 2010 at 6:48 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
It represents a difference in coordinate space. You&#39;ll get the most out of this list if you continue to try to solve your problems before posting and avoid submitting every question/problem that you hit upon under a continuously in-use title. Did you try it and look at you -px output file? I suggest that you do some tutorials. Also, set up a test system and pull two water molecules apart within a box of water and use VMD to see what happens. Then try a slightly more difficult test system... these are the types of things that worked for me.<br>

<br>
pull_init1               = 0 0 -5<br>
pull_init1               = 0 0 -4.9<br>
pull_init1               = 0 0 -4.8<br>
...<br>
pull_init1               = 0 0 4.9<br>
pull_init1               = 0 0 5<br>
<br>
But it&#39;s up to you to determine the spacing. You need to get good overlap in order to be able to do WHAM. If you don&#39;t know how to figure that out then it&#39;s time for some reading.<br>
<br>
Good luck,<br>
Chris.<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
Hi Chris,<br>
<br>
Thank you very much for your detailed mail.<br>
<br>
Now I have a doubt on this pull_init  parameter. i read your previous posts<br>
regarding this, but still have a confusion.<br>
<br>
My query is that for each configuration when I run umbrella sampling, will<br>
this pull_init value needs to change?(I suppose so, if its true how?)<br>
<br>
When it should be negative and positive?<br>
<br>
<br>
Could you please explain this. Thanks for your valuable time<br>
<br>
Thanks &amp; Regards,<br>
Aswathy<br>
<br>
<br>
On Mon, May 10, 2010 at 9:55 PM, Chris Neale &lt;<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca" target="_blank">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;wrote:<br>
<br>
[Hide Quoted Text]<br>
Pick a small collection of backbone atoms near the center of your channel<br>
and use them as your reference group. Overcome the sign problem by optimal<br>
selection of pull options (see below). pull_pbcatom values should not be<br>
important<br>
if you select your groups as I suggest -- otherwise be sure to understand<br>
how they work.<br>
<br>
<br>
; COM PULLING<br>
pull                     = umbrella<br>
pull_geometry            = position<br>
pull_dim                 = N N Y<br>
pull_start               = no<br>
pull_nstxout             = 250<br>
pull_nstfout             = 250<br>
pull_ngroups             = 1<br>
pull_group0              = MY_SELECTION_OF_BACKBONE_ATOMS<br>
pull_pbcatom0            = 0<br>
pull_group1              = LIGAND<br>
pull_pbcatom1            = 0<br>
pull_init1               = 0 0 THISDIST<br>
pull_rate1               = 0<br>
pull_k1                  = 500.0<br>
pull_vec1                = 0 0 0<br>
<br>
Chris.<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
I think Justin meant that you have various positions of the ligand in the<br>
channel (from the SMD), so you don&#39;t need to make a new run to determine new<br>
positions in the channel. You need only new umbrella sampling simulations.<br>
<br>
Yep, the movement of the particle will also matter, because if the particle<br>
moves much on the z-axis, the distance between the particle and the ligand<br>
will change. So you would want the particle fixed relative to the channel.<br>
Two ideas:<br>
Place the particle above the entrance of the channel. Pick three atoms from<br>
the entrance of the channel and determine the distance between the atoms and<br>
the particle. Then use distance_restraints or constraints with a<br>
&#39;bondlength&#39; equal to the measured distance. If everything goes right the<br>
particle would stay where you placed it, since it does not interact with the<br>
enviroment it should not really influence your simulation (only through the<br>
constraints or distance_restraints).<br>
I don&#39;t now how big your system is, but it would probably be a good idea to<br>
make a short test simulation, to look if the particle changes the system<br>
behavior.<br>
But it&#39;s only an idea, i hope other people comment it.<br>
<br>
Greetings<br>
Thomas<br><font color="#888888">
<br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
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</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Aswathy<br>