<br>Dear Justin,<br><br>Thanks so much for your comments. As for my question below:<br><br>*********************************************<br>... Also, do LJ energy figures (or<br>
coulomb) given by g_energy refer to e11,e22.. interaction energies?<br>
<br>

Justin: By default, you will not get these interaction energies decomposed as you would<br>
like.  You can, however, set &quot;energygrps&quot; in the .mdp file to separate out these<br>
contributions.  If using PME, however, there will be a long-range term that<br>
simply cannot be decomposed, so choose your long-range electrostatics method<br>
carefully.<br><br>****************************************************<br>I go ahead and read about energy groups but I have a question here. So what are the energy terms like LJ or coulomb one gets from g_energy. Are they not the decomposed terms from total energy of system? Can I not take for instance LJ energy values which are coming from a specific NO. of molecuels in simulation box and calculate interaction energies for pairs or &quot;mol&quot; number of molecules?<br>
<br>Thank you for you help :)<br><br>Moeed<br><input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML"></div>