<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=windows-1255" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18904">
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Hi everyone,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>I have just installed Gromacs (version 4.0.7), run 
the test sets (gmxtest-4.0.4) and&nbsp;got&nbsp;few failures. I looked at the 
relevant 'checkpot.out' and 'checkvir.out' files as suggested in previous 
messages.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>For the 'complex' tests I got no&nbsp;differences 
in the 'checkpot.out', only in the 'checkvir.out'. </FONT><FONT size=2 
face=Arial>Some of the differences in 'checkvir.out' are quite large (see below 
example for water).</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>For the 'kernel' tests I get differences both in 
'checkpot.out' and in 'checkvir.out' and the differences are significant (see 
below example for kernel020).</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>- Should I check any other files?</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>- What&nbsp;should I&nbsp;do when the differences 
are significant? (I just installed gromacs with no errors)</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Thanks for your help,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Efrat</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 
face=Arial>___________________________________________________________</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>complex/water/checkpot.out:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>There are 31 terms in the energy files</DIV>
<DIV>There are 3 terms to compare in the energy files<BR>Files read 
succesfully</DIV>
<DIV>____________________________________________________________</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>_____________________________________________________________</DIV>
<DIV>complex/water/checkvir.out:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Pressure (bar)&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46893.3,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
44899<BR>Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6211.69,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-6371.98<BR>Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2423.21,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-1880.85<BR>Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 667.327,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
381.986<BR>Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2422.22,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-1880.17<BR>Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3194.86,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-2649.86<BR>Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2208.7,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-2616.43<BR>Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 667.878,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
382.404<BR>Vir-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2207.77,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-2616.81<BR>Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp; 50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1482.41,&nbsp; step&nbsp; 
50:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-752.677<BR>_____________________________________________________________</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>_____________________________________________________________</DIV>
<DIV>kernel/kernel020/checkpot.out:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -63.1209,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
6.50742<BR>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 
0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -321.601,&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 
0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-251.972<BR>_____________________________________________________________</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>_____________________________________________________________</DIV>
<DIV>kernel/kernel020/checkvir.out:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -63.1209,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
6.50742<BR>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 
0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -321.601,&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 
0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -251.972<BR>Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.0135,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.0739<BR>Total 
Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-306.588,&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-222.898<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 
0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.93226,&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 
0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.74185<BR>Pressure (bar)&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3095.37,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-2497.79<BR>Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1127.45,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1075.85<BR>Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.524,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
21.7761<BR>Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -264.813,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-260.354<BR>Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.5241,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
21.777<BR>Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 803.252,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
581.702<BR>Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -264.813,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-260.354<BR>Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 321.207,&nbsp; 
step&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
176.573<BR>______________________________________________________________</DIV></FONT></BODY></HTML>