<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 17, 2010 at 6:45 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Amit Choubey wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
<br>
<br>
On Sun, May 16, 2010 at 7:41 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Amit Choubey wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
        On Sun, May 16, 2010 at 5:15 PM, Justin A. Lemkul<br>
        &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div><div class="im">
        &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
           Amit Choubey wrote:<br>
<br></div><div><div></div><div class="h5">
               Hi Justin,<br>
<br>
               Since the density (1 gm/cc) and T (300 K) correspond to<br>
        ambient<br>
               condition, should not the equation of state dictate a<br>
        pressure<br>
               around 1 atm?<br>
<br>
<br>
           If the equation of state involves temperature and pressure, yes.<br>
<br>
        So if you fix the density and temperature shouldnt you land up<br>
        with right pressure which we know should be 1 atm.<br>
         <br>
<br>
    You are not fixing (or conserving) the temperature in an NVE<br>
    ensemble.  That would be an NVT ensemble, employing a thermostat.  <br>
<br>
I did do NVT first and then for sampling i removed the thermostat. Also as you mentioned there was not much difference b/n pressure values during NVT or NVE . The pressure value is as high as 1000 bar in both cases.<br>
<br>
 <br>
    Since instantaneous pressure is calculated (in part) from the<br>
    kinetic energy, and since the kinetic energy is not guaranteed to be<br>
    conserved, the pressure term will also fluctuate accordingly.<br>
<br>
<br>
This is correct. The pressure thus fluctuates about 20 % of the above mentioned value.<br>
<br>
<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure</a><br>
<br>
    The internal energy of the system is constant in an NVE ensemble,<br>
    the other terms may fluctuate as necessary such that all microstates<br>
    occur with the same probability and the energy surface remains flat. <br>
<br>
I agree<br>
 <br>
     Also recall that an NVE ensemble represents a thermodynamically<br>
    isolated system, not conducting heat or engaging in work with the<br>
    surrounding system. <br>
<br>
true<br>
 <br>
     So any concept of external pressure and equilibrating the pressure<br>
    is irrelevant.<br>
<br>
<br>
I am not trying to equilibriate the pressure. I am trying to measure the pressure. I also know that at 300 K and 1gm/cc the P should be 1 bar.<br>
<br>
Also, theoretically NVE or NVT are no different than NPT as far as measuring observables is concerned. Hence i was thinking that if you have the right volume density and temperature shouldnt you have the right pressure.<br>

</div></div></blockquote>
<br>
I think the disconnect is arising because you&#39;re expecting a model of water to behave almost like an ideal gas.  The SPC water model, under NPT conditions of 300 K and 1 bar, does not give the experimental density of water; it is actually somewhat less than 1 g/mL.  So constraining the system to fit some pre-conceived notion of the volume to force the density to be right conflicts with the properties of the water model itself.  SPC wants to be at a lower density, you&#39;re forcing it to be at a higher density, all while fixing the volume of the simulation cell.  Sounds to me like a recipe for high pressure, since SPC wants to expand but you won&#39;t let it.<br>

<br>
So the starting configuration, assembled with the right density, has not properly equilibrated under NPT conditions, yet you are expecting it to do so when applying NVE conditions.  I don&#39;t know that you&#39;ll ever be able to satisfy all of these requirements simultaneously unless you can come up with a better water model that replicates both ideal and real behavior :)<br>
</blockquote><div><br>yes model is an issue too. I was just concerned about 3 orders of magnitude of difference in calculation of pressure. Thank you for the answering.<br><br>amit<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>