Hello,<br><br>I am trying to create an index file to get interaction energies between hexane (C6H14, 20atoms) molecules. I have 125 hexane molecules in my system. To do this how should I define my index groups. Should I include all 125 molecuels in index file? now I have only the first 20 atoms (first molecule)..<br>
<br><br><br><br>make_ndx -f Hexane-0.25nm3-index.gro -o index.ndx                     <br><br>Reading structure file<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program make_ndx, VERSION 4.0.7<br>Source code file: gmx_fatal.c, line: 511<br>
<br>Fatal error:<br>Unexpected end of file in file Hexane-0.25nm3-index.gro at line 2<br>(Source file confio.c, line 725)<br><br> Hexane-0.25nm3-index.gro:<br><br>[ Hexane ]<br>1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20<br>
<br><br>Thanks,<br>