<div>Hi</div>
<div>After posting this mail I did some google search and after changing the executible name to dssp I moved it in /usr/local/bin/ After this when I did do_dssp it starts running asks to select a group I choose main chain 5, then it generates some intermediate file and gives error as segmentation fault. I though this problem was because of the executible in /usr/local/bin/ and rest of file in another directory say /home/shahid/software/dssp/. For this first I set the path in ~/.bascrc as DSSP=/home/shahid/software/dssp/DsspCmbi. I tried to run do_dssp I got the same intermediate file generated backing up the previous one. Then I moved all the files of dssp directory to /usr/local/bin/ and then tried to run do_dssp I am in the same situation. </div>

<div>waiting for your help</div>
<div>shahid nayeem<br><br> </div>
<div><span class="gmail_quote">On 5/18/10, <b class="gmail_sendername">Justin A. Lemkul</b> &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><span class="q"><br><br>shahid nayeem wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Dear All<br>I downloaded dsspcmbi.tar.gz, and compiled  using command<br>./DsspCompileGCC as given in Readme.txt file. when I try to run<br>
do_dssp command in gromacs I get error<br></blockquote><br></span>Well, what happened?<span class="q"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br>Fatal error:<br>DSSP executable (/usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv DSSP)<br><br>I checked for DSSP executible in /usr/local/bin/ and I couldnt find. I<br>
</blockquote><br></span>It won&#39;t be there unless you put it there and you have re-named it.  I believe the default name of the dssp program is &quot;dsspcmbi,&quot; which you need to change when you move the executable.<br>
<br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp</a><br><br>
-Justin<span class="q"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">even tried dsspcmbi.zip file but again I got the same error. I<br>compiled dssp as root. Now what shoul I do in order to run do_dssp<br>
comand of gromacs.<br>Shahid nayeem<br></blockquote><br></span>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>========================================<br><span class="sg">-- <br>gmx-users mailing list    <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></span></blockquote>
</div><br>