<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">I am trying to create an index file to get interaction energies between<br>
hexane (C6H14, 20atoms) molecules. I have 125 hexane molecules in my system.<br>
To do this how should I define my index groups. Should I include all 125<br>
molecuels in index file? now I have only the first 20 atoms (first<br>
molecule)..<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>To get the total interaction energy among your hexanes, all atoms of all C6H14&#39;s should be listed in the NDX file, e.g. 125 * 20...</div><div> </div><div>Good luck.</div><div><br>
</div></div>Dr. Vitaly Chaban<br>