<div>Hi</div>
<div>When I run  dssp alone with a .pdb file it works well. But when I run with Gromacs as do_dssp it gives segmentation fault and does not do any calculation except giving some intermediate files as follows.</div>
<div><br>
<p>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ss.map<br>Reading frame       0 time    0.000<br>Warning: if there are broken molecules in the trajectory file,<br>         they can not be made whole without a run input file<br>
 <br> <br>Back Off! I just backed up dd8G1JXX to ./#dd8G1JXX.1#<br>Segmentation fault</p>
<p>shahid </p><br> </div>
<div><span class="gmail_quote">On 5/18/10, <b class="gmail_sendername">Justin A. Lemkul</b> &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><span class="q"><br><br>shahid nayeem wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi<br>After posting this mail I did some google search and after changing the executible name to dssp I moved it in /usr/local/bin/ After this when I did do_dssp it starts running asks to select a group I choose main chain 5, then it generates some intermediate file and gives error as segmentation fault. I though this problem was because of the executible in /usr/local/bin/ and rest of file in another directory say /home/shahid/software/dssp/. For this first I set the path in ~/.bascrc <br>
</blockquote><br></span>Other files should be irrelevant.  The only file you need is the dssp binary.<span class="q"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">as DSSP=/home/shahid/software/dssp/DsspCmbi. I tried to run do_dssp I got the same intermediate file generated backing up the previous one. <br>
</blockquote><br></span>Intermediate files are not an issue.  When the executable is in this directory, does the calculation otherwise work?<span class="q"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Then I moved all the files of dssp directory to /usr/local/bin/ and then tried to run do_dssp I am in the same situation.<br>
</blockquote><br></span>If the executable in your home directory structure works, but in /usr/local/bin it fails, then it could be some sort of permission error.  It ultimately doesn&#39;t matter where your executable is, /usr/local/bin is default, but you can set any other location you like with the DSSP environment variable.<br>
<br>-Justin<br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><span class="q">waiting for your help<br>shahid nayeem<br><br></span>
<div><span class="e" id="q_128ab4f8bcffa3d3_7"> On 5/18/10, *Justin A. Lemkul* &lt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br><br><br>   shahid nayeem wrote:<br><br>       Dear All<br>       I downloaded dsspcmbi.tar.gz, and compiled  using command<br>       ./DsspCompileGCC as given in Readme.txt file. when I try to run<br>       do_dssp command in gromacs I get error<br>
<br><br>   Well, what happened?<br><br><br>       Fatal error:<br>       DSSP executable (/usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv<br>       DSSP)<br><br>       I checked for DSSP executible in /usr/local/bin/ and I couldnt<br>
       find. I<br><br><br>   It won&#39;t be there unless you put it there and you have re-named it.<br>    I believe the default name of the dssp program is &quot;dsspcmbi,&quot; which<br>   you need to change when you move the executable.<br>
<br>   <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp</a><br>
<br>   -Justin<br><br>       even tried dsspcmbi.zip file but again I got the same error. I<br>       compiled dssp as root. Now what shoul I do in order to run do_dssp<br>       comand of gromacs.<br>       Shahid nayeem<br>
<br><br>   --     ========================================<br><br>   Justin A. Lemkul<br>   Ph.D. Candidate<br>   ICTAS Doctoral Scholar<br>   MILES-IGERT Trainee<br>   Department of Biochemistry<br>   Virginia Tech<br>   Blacksburg, VA<br>
</span></div>   jalemkul[at]<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; | (540) 231-9080<span class="q"><br>
   <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>   ========================================<br>
   --     gmx-users mailing list    <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></span>   &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<span class="q"><br>
   <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>   Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
   posting!<br>   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>   interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
</span>   &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<span class="q"><br>   Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br><br></span></blockquote>
<div><span class="e" id="q_128ab4f8bcffa3d3_15"><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></span></div></blockquote>
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