<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">hi all together,<br>
<br>
this week i&#39;m trying to do some simulations with acetonitrile (AN) as a<br>
solvent and using ffamber99 as force field. on this website<br>
<br>
<a href="http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber#box" target="_blank">http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber#box</a><br>
<br>
i found a gorgeous little box containing a pretty number of 6-site<br>
modeled AN molecules, represented by 3 files:<br>
<br>
ch3cn_210.pdb<br>
frcmod.ch3cn<br>
prep.ch3cn<br>
<br>
does anyone have an idea, how to generate .gro/.itp files out of these<br>
amber files, preferably by pushing a single button of some proper tool??<br>
<br>
i&#39;ld be the happiest guy in world if someone told me the trick!<br>
<br></blockquote></div><div><br></div><div>To traslate PDB into GRO, use editconf (gromacs utility). </div><div>To get ITP, use X2TOP (gromacs utility).</div><div><br></div><div>Also see the topology archive on the gromacs website. A few years ago I uploaded some working examples with ACN.</div>
<div><br></div><div><br></div>-- <br>Dr. Vitaly Chaban<br>