&gt;&gt; Hi,<br>&gt;&gt; I wanna keep crystallographic water with tip4p model for md simulation but when I use pdb2gmx even if I set &quot;-water tip4p&quot; it protonates oxygens to spc water model instead.<br>&gt;&gt; Is there any way to replace spc water molecules with tip4p water molecules in the same orientation?<br>
&gt;<br>&gt;What&#39;s your GROMACS version and command line?<br>&gt;<br>&gt;&gt; Btw what happen if I&#39;ll keep 2 types of water models in one simulation?<br>&gt;<br>&gt;Your reviewers will giggle.<br>&gt;<br>&gt;Mark<br>
<br>Hi<br>I’m using following lines to prepare structure<br><br>pdb2gmx -f 1KEH.pdb -o 1keh.gro -p 1keh.top -ff oplsaa -water tip4p<br>editconf -f 1keh.gro -d 1 -c -bt cubic -o 1keh.box.gro<br>genbox -cp 1keh.box.gro -cs tip4p.gro -o 1keh.sol.gro -p 1keh.top<br>
<br>after this in 1keh.sol.gro there are 2 types of water like<br> 1078HO4    HW112050   5.331   6.748   7.575<br> 1078HO4    HW212051   5.413   6.666   7.459<br> 1078HO4    HW312052   5.413   6.748   7.517<br> 1079HO4     OW12053   7.630   6.590   7.095<br>
 1079HO4    HW112054   7.630   6.671   7.037<br> 1079HO4    HW212055   7.630   6.508   7.037<br> 1079HO4    HW312056   7.630   6.590   7.095<br> 1080HO4     OW12057   3.861   4.563   2.433<br><br>and like <br> 1083SOL     OW12069   1.736   0.839   0.257<br>
 1083SOL    HW112070   1.777   0.781   0.322<br> 1083SOL    HW212071   1.643   0.831   0.274<br> 1083SOL     MW12072   1.730   0.831   0.267<br> 1084SOL     OW12073   1.602   0.771   1.252<br> 1084SOL    HW112074   1.557   0.838   1.303<br>
 1084SOL    HW212075   1.690   0.807   1.238<br> 1084SOL     MW12076   1.608   0.784   1.256<br>as I can understand pdb2gmx converted crystallographic O into H2O with additional H in the same place as O instead of additional M near O<br>
how can it be fixed? <br>