<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Sorry, but I couldnt get your question,<br>I have used this .mdp file for energy minimisation after addition of water and using <pre style="margin: 0em;">GROMOS96 43a1 force field :</pre><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = drg_trp<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /lib/cpp ; location of cpp on SGI<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DFLEX_SPC ; Use Ferguson’s Flexible water model [4]<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 2000<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME ; Use particle-mesh ewald<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp; = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 1000.0<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br><br>I hope it will help you to guide me further<br>Thanks<br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Wed, 19/5/10, Erik Marklund <i>&lt;erikm@xray.bmc.uu.se&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Erik Marklund &lt;erikm@xray.bmc.uu.se&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] enegry minimisation<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Wednesday, 19 May, 2010, 5:31 PM<br><br><div class="plainMail">sonali dhindwal skrev:<br>&gt; Hello All<br>&gt; This question may sound trivial to many, but as i am new to this field, please help.<br>&gt; I want to ask a question regarding my previous query of distortion of protein strucutre after molecular dynamcs simulation.<br>&gt; I have noticed that after enegry minimisation using
 steepest decent algorithm, using emtol of 1000 kJ mol^-1 nm^-1 , large amount of distortion occurs.<br>&gt; So is it necessary to do enegry minimisation step before MD, because this is my modeled protein, and i have&nbsp; already done energy minimisation using different program and after that I have done refinement also.<br>&gt; Thanks and regards<br>&gt; ^<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; --<br>&gt; Sonali Dhindwal<br>&gt; <br>&gt; <br>So how has your system setup changed since your previous EM? Addition of water? Cutoffs? PME?<br><br>-- -----------------------------------------------<br>Erik Marklund, PhD student<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp; &nbsp; 75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp; &nbsp; +46 18 471 4537&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; fax: +46 18 511 755<br><a ymailto="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se" href="/mc/compose?to=erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp; &nbsp; <a
 href="http://folding.bmc.uu.se/" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se/</a><br><br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>