<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello All<br>This question may sound trivial to many, but as i am new to this field, please help.<br>I want to ask a question regarding my previous query of distortion of protein strucutre after molecular dynamcs simulation.<br>I have noticed that after enegry minimisation using steepest decent algorithm, using emtol of 1000<a rel="nofollow" name="em"> kJ mol^-1 nm^-1</a>, large amount of distortion occurs.<a rel="nofollow" name="em"></a><br>So
is it necessary to do enegry minimisation step before MD, because this
is my modeled protein, and i have&nbsp; already done energy minimisation
using different program and after that I have done refinement also.<br>Thanks and regards<br><a rel="nofollow" name="em">^<br></a><br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></table><br>