Please use a descriptive subject line to help everybody.<br><br>I suspect your use editconf is your problem. -princ may not preserve your box the way you've assumed. Try -princ -c, or editconf -princ then editconf -c.<br><br>It's also pointless and error-prone to compile MPI versions of the GROMACS tools. Only mdrun is MPI-aware, and the installation guides make this clear.<br><br>Mark <br><br>----- Original Message -----<br>From: Ricardo Cuya Guizado &lt;rcuyag@hotmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, May 19, 2010 4:14<br>Subject: [gmx-users] RE: gmx-users Digest, Vol 73, Issue 109<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><span><p>  <style><!-- .hmmessage P { margin:0px; padding:0px } body.hmmessage { font-size: 10pt; font-family:Verdana } --></style> <table><tbody><tr><td class="hmmessage"><p> </p><p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Friends<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">I tried to obtain the XY density maps of the heme using g_densmap tool.<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">The molecule was centered in the box<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">The system was rotated to maintain the XY plane on the molecular plane.<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">In the reference gro file, the molecule was also centered and the plane XY was on the molecular plane.<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">To create the reference gro file<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">editconf_mpi_d -f heme.gro -c -o heme_centered.gro -n index.ndx -princ<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">To center the molecule in the box<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">trjconv_mpi_d -f md10ns_heme.xtc -o md10ns_heme_centered.xtc -n index.ndx -s dmpr.tpr -center -boxcenter rect -pbc atom<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">Rotations and translations were eliminated and the XY axis on the XY molecular plane<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">trjconv_mpi_d -f md10ns_heme_centered.xtc -o md10ns_heme_centrado_centered_rottrans.xtc -n index.ndx -s heme_centered.gro -fit rot+trans<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">To obtain the XY density map<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">g_densmap_d -f md10ns_heme_centrado_centered_rottrans.xtc -s heme_centered.gro -n index.ndx -o densmap.xpm <o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">The result show the molecule in the corner of the figure and a diffuse withe region around the molecule.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoNormal" style=""><font class="Apple-style-span" face="Arial"><br></font></p><p class="MsoNormal" style=""><font class="Apple-style-span" face="Arial"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></font></p><p class="MsoNormal" style=""><font class="Apple-style-span" face="Arial"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I will expect a more defined region around the molecule and centered.</font></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><font class="Apple-style-span" face="Arial">I need help, thanks</font></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">Regards<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style=""><font class="Apple-style-span" face="Arial">Ricardo</font></p>                                               <br><hr><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Gagnez 10 000 $ avec Hotmail! <a href="http://go.microsoft.com/?linkid=9729713" target="1">Participez ici</a></td></tr></tbody></table> </p></span>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php