Hi ALL,<br><br>I tried to calculate the helix tilt of a single helix (TM5) among 7 helices using g_bundle. In the index file I defined the two groups (top &amp; bottom) as the C-alpha of the first 5 and last 5 residues of TM5 respectively. But in the bun_tilt.xvg file I am getting the values as:<br>
<br>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br># This file was created Thu May 20 15:29:50 2010<br># by the following command:<br>
# g_bundle -f prot.xtc -s prot.tpr -n TM5_top_bot.ndx -na 1 <br>#<br># g_bundle is part of G R O M A C S:<br>#<br># GRowing Old MAkes el Chrono Sweat<br>#<br>@    title &quot;Axis tilts&quot;<br>@    xaxis  label &quot;Time (ps)&quot;<br>
@    yaxis  label &quot;(degrees)&quot;<br>@TYPE xy<br>          0      0<br>          2 0.0197823<br>          4      0<br>          6 0.0197823<br>          8      0<br>         10      0<br>         12 0.0197823<br>         14      0<br>
         16 0.0197823<br>         18      0<br>         20 0.0279765<br>         22      0<br>         24      0<br>         26 0.0197823<br>         28      0<br>         30      0<br>         32      0<br>         34      0<br>
         36      0<br>         38 0.0197823<br>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
And when plotted it gives a blank plot. Why it is coming like this? Am I doing anything wrong? Any suggestion is welcome.<br>The contents of the index file is:<br><br>[ top ]<br>1844 1850 1858 1866 1878 1896 1904 1913 1922 1940 1948 1956 1965 1974 1983<br>
1991<br>[ bottom ]<br>2000 2008 2014 2024 2032 2041 2050 2067 2079 2092 2101 2109 2118 2124 2132<br>2138 2146<br><br><br>Regards,<br><br>Anirban<br>