<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=us-ascii" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18904"></HEAD>
<BODY>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>Dear 
gmx-users,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>I tried to minimize 
my systems formed by a protein obtained by homology modelling procedure, in one 
case with a ligand inside, in the other case in the apo 
form.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>All worked fine 
until the minimization step: when I launched mdrun, the well known "stepsize too 
small..." communication appears. The program worked for 37 steps without 
producing output energies, and the final report was:</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>Potential Energy = 
-6.07e+5 (for the prot+lig); -5.58e+5 (for the protein 
alone)</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>Maximum force 
=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
inf on atom 1</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>Norm of 
force&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
inf</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010>
<DIV><FONT face=Arial><FONT size=2><SPAN class=062391112-21052010>I had a look 
to the gmx-user list archive, but when the "stepsize too small" error is 
reported, generally the potential energy is very high. In my case, t</SPAN>he 
potential energy seems to be correct (it is negative, and the order of magnitude 
is similar to that of other systems I studied before).&nbsp;<SPAN 
class=062391112-21052010>U</SPAN>sually when I retrieve this error, either the 
potential energy is very positive and high, or there are errors in the protein, 
but I visualized the&nbsp;systems with VMD and&nbsp;they seem to be correct. It 
would sound VERY strange if I had the protein&nbsp;already in a minimum of 
potential energy!!!</FONT></FONT>&nbsp;<SPAN class=062391112-21052010><FONT 
size=2 face=Arial>Moreover, the same thing happens in both cases, so I don't 
think it's a problem related to the ligand.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV></SPAN><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>What do you 
think about? Could you give me some hint?</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 face=Arial>Thank you very much 
and best regards</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=062391112-21052010><FONT size=2 
face=Arial>Anna</FONT></SPAN></DIV></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN 
class=062391112-21052010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>
<DIV align=left><FONT size=2 
face=Arial>__________________________________________________________________</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Anna Marabotti, Ph.D.</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Laboratory of Bioinformatics and 
Computational Biology</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Institute of Food Science - 
CNR</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Via Roma, 64</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>83100 Avellino</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Phone: +39 0825 299651</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Fax: +39 0825 781585</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>E-mail: <A 
title=mailto:amarabotti@isa.cnr.it 
href="mailto:amarabotti@isa.cnr.it">amarabotti@isa.cnr.it</A></FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Skype account: annam1972</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Web site: <A 
title=http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm 
href="http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm">http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm</A></FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>"If you think you're too small to make a 
change, try sleeping with a mosquito"</FONT></DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>