<div class="gmail_quote"><br>Hi,<br><br>I just want to know about the consistency we could obtain in plotting PMF.<br><br>I am using Gromacs 4.0.4 MPI version. Trying to find the PMF of the ligand transport through the channel. I tried two SMDs (same pull rate, and force constant) with different starting structures (only ligand poses and position  are slightly  different). I performed the sampling of these two pathways, the plots obtained are of  similar overall shapes, but peaks (max , min) have some variations?<br>

<br>Could you please give your comment on this attempt? Is that expectable?<br><br>Thank you,<br><br><br clear="all"><br>-- <br><font color="#888888">Aswathy<br>
</font></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Aswathy<br>