Hello all,<br>I have just started working with GROMACS and simulation in
 general.  I will be doing simulation of PEO with various ions and need a
 little help.  I have read a great deal of the documentation and now 
edited the appropriate .rtp and.itp files to generate my polymer from a 
.pdb file using pdb2gmx and it seems to be generating my topology and 
.gro files correctly.  <br>
<br>My question is if I wish to keep a static bond length do I address 
this in the bond information or is there something in the .mdp file that
 will address this?  <br><br>I also would like some suggestions for a 
few other things.  To make my preliminary polymer I used a molecular 
modeling/editor program called Avogadro but was wondering if there is 
something better to use to create the random walk long chain polymer?  <br>
<br>Also, I was just going to create my own ion files and use genion to 
incorporate those into the simulation but didn&#39;t know if this was the 
best way to do this.<br><br>And lastly when I need to create a multiple 
polymer simulation my plan was to use genconf and generate a crystal 
with the appropriate number of polymers and then just heat it up to melt
 it.  This seems to be a good way to do it however, another person in my
 group who used NAMD used a program called PackMol and had some success 
and was wondering if anyone else had used this program and would 
recommend this route? <br>
<br>Thank you in advanced.<br>Regards,<br>Caleb