Hi There,<br><br>I want to use a large simulation box. I did a trial 
with 15 * 15 * 15 nm box for 100 steps. genbox_d generates 110k water 
molecules, or 330k atoms.<br><br>It looks like that gromacs can run that
 large number of atoms. I am sure it will take a long long long time. 
However if I really want to simulate it, is there any way that I can 
increase the speed? (except using a better cpu, or paralleling it) 
Thanks.<br>
<br>My second question is that: If I have to use clusters or super 
computer, which one is better? and, do I need a particular 
software/program to paralleling it? Thanks.<br><br>Thank you for your 
comments and help!<br>Yan<br>
<br>I put my .mdp below:<br>integrator               = md<br>dt                      
 = 0.002<br>; duration  2000 ps<br>nsteps                   = 100<br>comm_mode   
      = linear<br>nstcomm             = 1<br>; dump config every 300 fs<br>
nstxout                  = 10<br>nstvout                  = 10<br>nstfout   
          = 10<br>nstcheckpoint            = 100<br>nstlog                  
 = 10<br>nstenergy                = 10<br>nstxtcout                = 10<br>
xtc-precision            = 1000000<br>nstlist                  = 1<br>ns_type                 
 = grid<br>pbc                       = xyz<br>rlist                    =
 1.0    ;1.0<br>coulombtype              = PME<br>rcoulomb                
 = 1.0    ;1.0<br>
fourierspacing         = 0.2    ;0.1<br>pme_order         = 4<br>ewald_rtol
          = 1e-5<br>optimize_fft         = yes<br>vdwtype             = 
cut-off<br>rvdw                     = 1.0    ;1.0<br>tcoupl                  
 = Nose-Hoover<br>
tc_grps                  = system <br>tau_t                    = 0.5 <br>ref_t                   
 = 300.0<br>Pcoupl                   = no<br>annealing         = no <br>gen_vel                 
 = no <br>gen_temp                 = 300.0<br>
gen_seed                 = 173529<br>constraints              = none<br>;energy_excl             
 = C_H C_H<br>constraint_algorithm     =  lincs<br>unconstrained_start   
  = no<br>lincs_order         = 4<br>lincs_iter         = 1