<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 25, 2010 at 2:32 PM, VANDANA KUMARI <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:kumari.5@buckeyemail.osu.edu">kumari.5@buckeyemail.osu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">





<div>
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<div></div>
<div>
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div> </div>
<div>Hello Gromacs Users,<br>
<br>
I am trying to make tpr file for NPT equilibration after NVT equilibration using <br>
<br>
grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.trr -p topol.top -n index.ndx -o npt.tpr <br></div></div></div></div></div></div></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;"><div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;"><div><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div>
<br>
I am using  parameter &quot; continuation = yes &quot; in npt.mdp  for restarting after NVT, but I am getting this warning massage: <br></div></div></div></div></div></div></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;"><div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;"><div><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div>
<br>
 WARNING 1 [file npt.mdp, line unknown]:<br>
  Unknown left-hand &#39;continuation&#39; in parameter file<br>
<br></div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br>well to continue why dont you use the same velocities ; just say gen_vel = no<br><br>amit <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;"><div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;"><div><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div>
Please help me with this issue.<br>
<br>
Thank you<br>
--<br>
Vandana<br>
<br>
<div><font size="2"><span style="font-size: 10pt;">
<div><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>