<DIV>Dear GMX users,</DIV>
<DIV>&nbsp;When I prepare the topology file of one small molecule using PRODRG, I find that the generated topology file is for another molecule. The only difference between the two molecules is that the latter one has one more double bond. How should I deal with such problems? Thanks very much!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>All the best,</DIV>
<DIV>qinghua</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>