<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div style="">Hi Yan,<br>
<br>
You can do it by converting your both gro file into pdb files and concatenating both&nbsp; pdb files into one file . and you can convert pdb into gro using editconf<br>
steps are as follows:<br>
<br>
1. editconf -f 1.gro -o 1.pdb<br>
2. editconf -f 2.gro -o 2.pdb<br>
<br>
3. cat 1.pdb 2.pdb &gt; both.pdb<br>
<br>
you need to delete unnecessary line i.e. CRYST1 or END from you both.pdb file<br>
<br>
4. editconf -f both.pdb -o both.gro&nbsp; <br>
</div>
<div><br>
<br>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size: 10pt;">
<div class="PlainText">--<br>
Vandana Kumari</div>
</span></font></div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF124880"><font size="2" color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Yan Gao [y1gao@ucsd.edu]<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, May 25, 2010 5:33 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] How to combine two gro files in one big file<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Hi there,<br>
<br>
I want to simulate two molecules which are identical, and one is rotated/translated from another. I have the gro file for one molecule.<br>
<br>
I tried editconf, which helped manipulate the molecule. Then I want to combine it with the original gro file, so that the two identical molecules are placed in one file. I searched the manual but could not find a proper command. Could anyone help? Thanks.<br>
<br>
-- <br>
Yan<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>