I tried pdb2gmx with an alanine pdb file, with options 5 (opls force field),  0 (NH3+ n-terminus) and 0 (COO- C-terminus). When I run grompp on the output from pdb2gmx, I get a total charge of -1.1. Any ideas why this happens?<br>
<br>The same problem is not there if one looks at a dipeptide. Why the problem for a single amino acid? It looks like when pdb2gmx applies patches for the N-terminus and C-terminus to the ends of a protein, it changes atom types for the peptide backbone. If one uses a single amino acid, the patches are applied to the same residue, and hence the odd -1.1 charge? If this is so, is this not a bug?<br>
<br>Thank you for inputs,<br><br>-maria<br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>