<br><br>----- Original Message -----<br>From: pawan raghav &lt;pwnrghv@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 2, 2010 4:18<br>Subject: [gmx-users] g_covar<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks Mark for your advice</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Note: The fit analysis group are identical, while the fit is mass weighted and the analysis is not making the fit non mass weighted.</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>But, this is the the real unning out put of the command prompt<br><br>No, it isn't. :-) I've now consulted the 4.0.7 source code, this message would have had a full stop and a capital M. Since they were missing, it looked like you were saying something confused.<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><br><br>g_covar won't do a mass-weighted fit with a non-mass-weighted analysis. g_covar -h talks about this.<br> </font><br></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Please let me know anyone what is the meaning of this note? and also tell me is it right to choose C-alpha group for two times?&nbsp;&nbsp; &gt;</div> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Yes I&nbsp;want to do the structure-fitting on the same set of atoms as&nbsp;I do the analysis.</p><p>Well, then you need to make a choice consistent with that.</p><p>Mark<br></p>