<br><br>----- Original Message -----<br>From: Gene Polovy &lt;gpolovy@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 2, 2010 11:10<br>Subject: [gmx-users] Issue with g_energy<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi There,<br>&gt; <br>&gt; I'm trying to use g_energy to print the potential energy from my <br>&gt; ener.edr binary to a text file. I have 1001 snapshots in my <br>&gt; simulation and should have a corresponding 1001 energies <br>&gt; (according to my .mdp file). I ran the command <br>&gt; <br>&gt; g_energy -f ener.edr, <br>&gt; <br>&gt; selected option 8 (potential energy) followed by a 0, and got an <br>&gt; .xvg file with only 880 energy values. Then, I ran the command <br>&gt; several more times and got a higher number of energy values <br>&gt; outputted each time. Eventually, I got 1007 energy values and I <br>&gt; only have 1001 frames! Is my run command incorrect or has anyone <br>&gt; else had these problems with g_energy?<br><br>This sounds like a network-filesystem problem, or running g_energy on a .edr file still receiving output from a simulation.<br><br>Mark