<br><br>----- Original Message -----<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Date: Wednesday, June 2, 2010 6:18<br>Subject: Re: [gmx-users] Fatal error: Atom O in residue CO 1 not found in        rtp entry with 3 atoms&nbsp; while sorting atoms<br>To: Gromacs Users' List &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; <br>&gt; Nilesh Dhumal wrote:<br>&gt; &gt;I have addes the "CO" residue.<br>&gt; &gt;Coordinate file<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;REMARK&nbsp;&nbsp; Accelrys Discovery Studio PDB file<br>&gt; &gt;REMARK&nbsp;&nbsp; Created:&nbsp; Fri May 28 17:26:23 Eastern <br>&gt; Daylight Time 2010<br>&gt; &gt;HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C1&nbsp; <br>&gt; CO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -<br>&gt; 1.044&nbsp; -0.027&nbsp;&nbsp; 0.066&nbsp; 0.00&nbsp; <br>&gt; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>&gt; &gt;HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; O2&nbsp; <br>&gt; CO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -<br>&gt; 0.009&nbsp;&nbsp; 0.642&nbsp; -0.037&nbsp; 0.00&nbsp; <br>&gt; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>&gt; &gt;HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; O3&nbsp; <br>&gt; CO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -<br>&gt; 2.286&nbsp;&nbsp; 0.595&nbsp; -0.030&nbsp; 0.00&nbsp; <br>&gt; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>&gt; &gt;END<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;in ffopla.rtp file.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;[ CO ] ; mandatory<br>&gt; &gt;[ ATOMS ] ; mandatory<br>&gt; &gt; C1&nbsp;&nbsp; opls_974&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt; O2&nbsp;&nbsp; opls_975&nbsp;&nbsp; -0.50&nbsp;&nbsp; 2<br>&gt; &gt; O3&nbsp;&nbsp; opls_976&nbsp;&nbsp; -0.50&nbsp;&nbsp; 2<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;[ bonds ]<br>&gt; &gt; C1 O2<br>&gt; &gt; C1 O3<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;I have also addes new atoms typs in ffopls.atp file.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; These input files work fine for me.&nbsp; The error message <br>&gt; complained about an atom<br>&gt; named "O" so be sure you're using the input you think you <br>&gt; are.&nbsp; Something has<br>&gt; gotten confused somewhere.<br><br>Perhaps the .pdb has column-formatting problems. Also, naming carbon dioxide "CO" and having two distinct atom types for its oxygen atoms, with non-neutral charge groups seems like asking for trouble...<br><br>Mark<br><br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt;NIlesh<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;On Tue, June 1, 2010 3:35 pm, Justin A. Lemkul wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt;Nilesh Dhumal wrote:<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;Hello,<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;I am getting the following error during pdb2gmx.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;Fatal error: Atom O in residue CO 1 not found in rtp entry <br>&gt; with 3 atoms<br>&gt; &gt;&gt;&gt; while sorting atoms<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;I checked the pdb file and ffopls.rtp file also.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;And what did you find?&nbsp; To my knowledge there is no such <br>&gt; residue "CO" in<br>&gt; &gt;&gt;the ffoplsaa.rtp file.&nbsp; Is this something you've <br>&gt; added?&nbsp; Regardless,<br>&gt; &gt;&gt;there's a mismatch somewhere, so if you can't identify it, <br>&gt; post the text<br>&gt; &gt;&gt;of your coordinate file and the relevant .rtp entry to see if <br>&gt; someone else<br>&gt; &gt;&gt;can spot it.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;-Justin<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;Nilesh<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;--<br>&gt; &gt;&gt;========================================<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt;&gt;Ph.D. Candidate<br>&gt; &gt;&gt;ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; &gt;&gt;MILES-IGERT Trainee<br>&gt; &gt;&gt;Department of Biochemistry<br>&gt; &gt;&gt;Virginia Tech<br>&gt; &gt;&gt;Blacksburg, VA<br>&gt; &gt;&gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; &gt;&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;========================================<br>&gt; &gt;&gt;--<br>&gt; &gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt;www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. <br>&gt; Can't post? Read<br>&gt; &gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php