Hi Chris,<br><br>The two setups were different from each other in terms of only the number of water molecules. Even the starting <br>conformations for the two peptides were the same. I especially took care about that to leave only the number of molecules as a variable. <br>
<br>I calculated the error by dividing the whole data to 4, and calculated the standard deviation between the 4 sets, and divided the result by sqrt (3).<br><br>For the Xavier&#39;s suggestion: I think I should wait a little, at least until having the same length of trajectory for the two sets. <br>

<br>Thanks<br><br>-- <br>Ozge Engin<br> ★☆<br>