<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" /><span lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size:10.5pt;color:black">I’ve&nbsp;</span>thought about
this problem! You can run mpi version of mdrun in a virtual cluster (e.g. a vm
cluster of 4 nodes with 2 CPU each). Or maybe you forget boot up the mpi environment?
(e.g. using “mpiboot –n x” in MPICH)<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;mso-font-kerning:0pt"><o:p></o:p></span></p><br><div id="addMailSign"><span> </span></div><div id="mailcontent"><blockquote dir="ltr" style="border-left:2px solid #000000;margin-left:10px;margin-right:0px;padding-left:5px;padding-right:0px;font-family:宋体;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-size: 9pt;line-height:normal;font-size-adjust:none;font-stretch:normal;"><div><blockquote style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>----- Original Message -----<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From: Sikandar Mashayak &lt;<a href="" target="_blank">symashayak@gmail.com</a>&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Date: Wednesday, June 2, 2010 7:17<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Subject: [gmx-users] Running gromacs in parallel on multicore machine<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>Hi<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>I am wondering whether its possible to run gromacs in parallel on single processor machine with multiple cores?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>I have 8 core processor, when I run mdrun in serial I see only one of those is used at 100%. I am thinking, if possible, to use all cores approximately equally by running mdrun in parallel and hoping to get results faster.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>Any suggestions?<br><font class="Apple-style-span" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; "><br></span></font></div></div></blockquote></div><p></p></blockquote></div>