<br><br>----- Original Message -----<br>From: Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;<br>Date: Friday, June 4, 2010 11:51<br>Subject: Re: [gmx-users] Creation of a Non-Standard Residue<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>----- Original Message -----<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From: Mark Zottola &lt;mzottola@gmail.com&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Date: Friday, June 4, 2010 10:40<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Subject: Re: [gmx-users] Creation of a Non-Standard Residue<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>Let me clarify.</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have no problem determining the bond stretching or angle bending parameters for HCN.&nbsp; This was a very straightforward task.&nbsp; Unit conversion to get those values in a gromacs force field was also a non-issue.</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The problems I am having are:</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1) How do I specify a POLAR hydrogen on a carbon atom?&nbsp; There are polar hydrogens (or so it seems) in the gromacs forcei field, but ostensibly they are on heteroatoms such as nitrogen or oxyen.&nbsp; Is there a way to force gromacs to let a polar hydrogen on a carbon?<br><br>Perhaps I misinterpreted this the first time. Of course all-atom forcefields have polar hydrogens. It seems your problem is that you can't make PRODRG produce an .itp suitable for ffgmx for HCN, because it assumes H bonded to C is non-polar. If so, then you have a potentially tricky problem and need to consult the documentation of that tool. Such a problem exists before GROMACS gets involved, so your second question seems misformed - GROMACS will do whatever you tell it, if that is consistent with the force field you're using.<br><br>Mark<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&nbsp;</font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ffgmx has been deprecated for years (as pdb2gmx tells users), so you'll find it hard to interest people with this problem. PRODRG beta works for one of the GROMOS forcefields, however. The general issue is that you're trying to develop an all-atom model, so you need to target an all-atom forcefield.<br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  <div>&nbsp;<br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>2) I AM looking for advice on the van der Waals parameters.&nbsp; Yes, I can guess and tweak until the cows come home, but obviously there are recommendations which I do not know.&nbsp; So... any suggestions on this.</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>3)&nbsp; The problem is quite simple, I want to develop parameters for HCN so I can use it as both ligand AND as a component n a solvent box.&nbsp; I do have the formula (4 or 5 steps from the web) to create my solvent box, but I need to have HCN properly parameterized.&nbsp; </div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>4)&nbsp; I am asking for this as I cannot use the Dundee server to make the appropriate topology file.</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The warning blurb was good at saying "Parameter development is done by professionals, so please do not try this at home."&nbsp; I am asking for help in the above issues as I am new to GROMACS but NOT&nbsp;other&nbsp;MD programs.</div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Well, then you'll know how to follow up on the concrete advice there - start by reading the literature for the force field of interest to see how VDW parameters were derived. How best to follow up is strongly problem- and forcefield-dependent. You might decide the path of least resistance is to use an AMBER forcefield in GROMACS so that you can use AMBERTools automated parameterization tools.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Mark &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php