<br><br>----- Original Message -----<br>From: Mark Zottola &lt;mzottola@gmail.com&gt;<br>Date: Friday, June 4, 2010 1:55<br>Subject: [gmx-users] Creation of a Non-Standard Residue<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am trying to to create a non-standard residue - HCN.&nbsp; This cannot be done by the Dundee PRODRG server as it subsumes the polar hydrogen into the carbon.&nbsp; This results in a diatomic molecule that the program cannot handle.</div>&nbsp; <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div>&nbsp;<div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I do mind creating a new drug by hand, but a search through the email list has been less than fruitful.&nbsp; I have done&nbsp;parameter/non-standard residue formation in AMBER,&nbsp;I believe I understand the process.&nbsp; Yet, there is no clear delineation of&nbsp;how one does charges.&nbsp; The best I found was the proper suggestion that&nbsp;CHELPG charges from a QM calculation should be employed.&nbsp;&nbsp;This is to be expected, but WHICH method should one use:&nbsp; hf/6-31g*, MNDO, something else?<br><br>The standard advice is here http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization. For starters, choose a force field you want to parameterize HCN to work *with*.<br></div>&nbsp; <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&nbsp;</font> <br></div>&nbsp;<div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I&nbsp;know I will have to augment my parameter file to include the new atom types and parameters.&nbsp; But as HCN has a polar hydrogen "on a carbon" how do I ensure that this is explicitly maintained?&nbsp; If I lie and call the hydrogen on carbon "H", the&nbsp;designation for an atom bonded to Nitrogen, is this enough to keep that hydrogen explicit? &nbsp;I also want to make a solvent box of HCN (cheaper and safer than trying this experimentally!!).&nbsp;&nbsp;I am assuming that simple electrostatics&nbsp;balanced against&nbsp;Van der Waals interactions will dictate the proximity of hydrogen bond donor to acceptor in this forcefield.&nbsp; <br><br>You seem to be creating problems for yourself by not having a clear objective - or at least not expressing it here!<br></div>&nbsp; <div>&nbsp;<br></div>&nbsp;<div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Finally, I assume a kluge of non-bonded parameters (van derWaals) is reasonable or is there a preferred way of determining an L-J potential?<br><br>Guessing values randomly is likely to get random results. Parameterization and validation of parameters are difficult topics to work on, and not encouraged for newcomers.<br></div>&nbsp;<div>&nbsp;<br></div>&nbsp;<div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>If I totally missed the answers to these questions, a hint on better keywords or a good reference encompassing these issues would be welcome.</div><br>Mark