<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><div id="yiv320270973">Hi Justin,<br><br>Thanks for the reply. When I tried to gmxcheck the minimization process I got an error:<br><br>Timesteps at t=810 don't match (2, 1)<br><br>Timesteps at t=814 
don't match (1, 2)<br><br>Timesteps at t=816 don't match (2, 1)<br><br>Timesteps
 at t=818 don't match (1, 2)<br><br>till the end of the run, that is why I thought the system is not properly minimized. I will look into how to check the Potential Energy. <br><br><span style="font-weight: bold;">the em.mdp file is as follows:</span><br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp ; the c preprocessor<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DFLEXIBLE<br>constraints&nbsp; = none<br>integrator&nbsp;&nbsp; = steep<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp; ;ps ie 2 fs!<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;short range<br>coulombtype&nbsp; = cut-off<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 <br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off&nbsp; <br>&nbsp;fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>&nbsp;fourier_nx = 0<br>&nbsp;fourier_ny = 0<br>&nbsp;fourier_nz = 0<br>&nbsp;pme_order = 4<br>&nbsp;ewald_rtol = 1e-5<br>&nbsp;optimize_fft = yes&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br><br><span style="font-weight: bold;">the md.mdp file is:</span><br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp <br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ;*<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md
 <br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp; ; ps ! <br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; 12500000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; total 25 ns;*<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1 <br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; collect data every 1 ps <br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10 <br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid
 <br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 <br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off <br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 <br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off <br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ;*<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12 <br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4 <br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5
 <br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br><br>; Berendsen temperature coupling is on <br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen <br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1 <br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; non-protein&nbsp; <br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300 <br><br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; bar-1<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br><br>; Generate velocites is on at 300 K. <br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0 <br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 621432<br><br><span style="color: rgb(0, 0, 191); font-family: tahoma,new york,times,serif;">Any suggestions are appreciated<br><br>Thanks<br>Rabab Toubar</span><br style="color: rgb(0, 0, 191); font-family: tahoma,new york,times,serif;"><br><br>--- On <b>Thu, 6/3/10, Justin A. Lemkul <i>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</i></b>
 wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] 1-4 interaction not within cut-off<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Thursday, June 3, 2010, 4:37 PM<br><br><div class="plainMail"><br><br>Rabab Toubar wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I set my .mdp file to minimize the system for 1000 steps, but it stopped at ~200 saying: "Stepsize too
 small, or no change in energy.<br>&gt; Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax &lt; 10" but the molecule is now outside the box<br>&gt; <br><br>This is not really a problem, provided that both the potential energy and Fmax that resulted are reasonable.<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Stepsize_too_small.2c_or_no_change_in_energy._Converged_to_machine_precision.2c_but_not_to_the_requested_precision">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Stepsize_too_small.2c_or_no_change_in_energy._Converged_to_machine_precision.2c_but_not_to_the_requested_precision</a><br><br>&gt; I did position restraint for 2ns using LINCS, and things went well<br>&gt; <br>&gt; running md, it ran for only 0.3 ns out of 30, and I got an error message that 1-4 interaction between 2 atoms are at a distance &gt; table-size (1nm) with a suggestion to increase the table-extension in mdp file.<br>&gt; I
 checked&nbsp; <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#1-4_interaction_not_within_cut-off">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#1-4_interaction_not_within_cut-off</a> suggesting reminimizing.<br>&gt; <br><br>The other possibility is that your .mdp settings are inappropriate, but you haven't provided that information.<br><br>&gt; My question is: is it OK that the system doesn't minimize till the end of the specified number of steps? is it OK to be outside the box as long as you assign boundary conditions as in case of NAMD? and what is the best option - you think - I have to solve the md problem<br>&gt; <br><br>Whether or not you need to revisit the EM procedure depends on how well it actually did (see comment above).&nbsp; The periodicity effect is a non-issue, since there is no "outside" of a periodic box.<br><br><a rel="nofollow" target="_blank"
 href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions</a><br><br>-Justin<br><br>&gt; Any suggestions are highly apprecitaed<br>&gt; Rabab<br>&gt; <br>&gt; <br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a rel="nofollow">gmx-users@gromacs.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank"
 href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a rel="nofollow">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></div></td></tr></table><br>