<br><br>----- Original Message -----<br>From: Arthur Roberts &lt;aroberts99163@yahoo.com&gt;<br>Date: Friday, June 4, 2010 13:57<br>Subject: [gmx-users] Is there a way to energy minimize only part of macromolecular structure?<br>To: gmx users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi, all,<br>&gt; <br>&gt; Is there a way to energy minimize only part of the <br>&gt; structure?&nbsp; I have made the ndx file, but I am not sure <br>&gt; what parameters to use with mdrun.&nbsp; Your help is much <br>&gt; appreciated.<br><br>Freeze groups presumably work with EM. See various places in the manual.<br><br>Mark