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<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.7600.16535"></HEAD>
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<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial>Dear Gromacs and VMD users.</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>I am trying to visualize a simulation in which a small molecule is interactiong with a protein in a water box. The simulation has been produced using gromacs. I am using VMD for that purpose. I use the .gro and the .xtc files to load the trajectory to the VMD. </FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>What's the problem then?</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>The problem is that I can't visualize anything in presence of water, so I need to have only&nbsp;the protein and the small moecule which is named UNK in the gro file, when I use selected atoms in the graphical representations in VMD to show the small molecule and I type UNK in the selected atoms, I get the following error message:</FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT color=#ff0000 size=2 face=Arial>the atom selection you typed couldn't be understood</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff size=2 face=Arial>Does that mean that I will never be able to visualize the small molecule? </FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial>Either the <STRONG>protein alone</STRONG>&nbsp;or the <STRONG>whole solvated system</STRONG> can be visualized, but I can't visualize both the protein along with the small molecule without the water...Could that be because in the .mdp file, I have haad protein and nonprotein descriptions? and that's why VMD can't isolate the UNK from the water? I don't know...</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><STRONG>Hey Justin, thanks alot for the prompt help with the other question I have had about snapshots...</STRONG></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial>Any hint would be very appreciated...</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial>Thanks alot</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial>Hassan Shallal</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#000000 size=2 face=Arial>UOP</FONT></DIV></BODY></HTML>