----- Original Message -----<br>From: lists@jsx.dk<br>Date: Friday, June 4, 2010 8:47<br>Subject: [gmx-users] Extracting enthalpies during or after MD<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; I am wondering if it is possible to output interaction <br>&gt; energies/enthalpiesduring an MD simulation between specific <br>&gt; groups of atoms.<br><br>Yes. Look up "energy groups" in the manual.<br>&nbsp;<br>&gt; The energies are all calculated anyways before the forces are <br>&gt; calculated,so I am wondering if there is an option to output <br>&gt; those energies to a<br>&gt; file?<br><br>They'll go to the .edr file and be accessible with (e.g.) g_energy<br><br>&gt; I saw someone on the list who had re-coded gromacs to output these<br>&gt; energies, but this resulted in a significant slowdown of the <br>&gt; simulationbecause he made the code perform output in an inner-loop.<br><br>Yep, don't do that.<br><br>&gt; If this is not an option, is there a clever way to get these <br>&gt; numbers out<br>&gt; after having run the simulation. Essentially, what I want is to <br>&gt; get the<br>&gt; enthalpy, between e.g. a PO4 head-group bead and a C1A tail-bead <br>&gt; using the<br>&gt; Martini FF.<br><br>You can implement the above to happen during your simulation, or use the facility of mdrun -rerun on a previously computed trajectory with a suitable .tpr to recompute only the energies of the groups of interest .<br><br>Mark