<br><br>----- Original Message -----<br>From: maria goranovic &lt;mariagoranovic@gmail.com&gt;<br>Date: Friday, June 4, 2010 18:51<br>Subject: [gmx-users] writing patches to combine two molecules into a dimer        and getting the combined topology out<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Friends<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am looking to make the topology of a lipid bonded to a peptide. Although this can be done by defining a new residue in the .rtp, this method may not be the best if I want to repeat the procedure for different residues on the peptide. Is it possible in gromacs to write a patch (like in CHARMM), where one could combine two molecules using some sort of patch?<br><br>Not really. The best suggestion I can make is to use http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/specbond.dat. This will require an .rtp entry for the "isolated" lipid, but that's no more work than a CHARMM patch residue.<br><br>&gt;&nbsp; This is probably implemented for proteins anyway, when amino acids are polymerized. The idea is to <br><br>That mechanism relies on knowing in advance there's a head-to-tail CO-to-NH linkage, and doesn't generalise.<br><br>&gt; have individual topologies and coordinates of the lipid and amino acid, and writing some sort of patch to combine these two, by making new bonds, and elminating some old ones. What would be the best (not necassarily the easiest??) to do this?<br><br>The above seems best to me. If you find a good workflow, then please consider adding it to the that wiki page. This kind of question has been asked before.<br><br>Mark<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><br>&gt; </font>Maria G.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Technical University of Denmark<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Copenhagen<br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php