----- Original Message -----<br>From: Thanasis Koukoulas &lt;koukoulas_th@yahoo.gr&gt;<br>Date: Thursday, June 3, 2010 23:26<br>Subject: [gmx-users] extra non bonded interaction<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>hello <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have a problem with C10O3H. The problem is that i use Trappe model and there you can add an extra repulsive interaction of molecule 10 (Oxygen) with molecule 14 (Hydrogen). The formula that TraPPE uses is 4E7/rij^12. with the transformation of 4E7in gromacs units (kJ*nm^12*mol-1) i take a numper 3.325789e-7 witch until now i put it in [pairs] with the sexond function like this:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[Pairs]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>10 14 2 0 0 0 03.325789e-7<br><br>This line doesn't seem to have enough fields (See table 5.4 of manual)<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>the zeros i use is&nbsp; for fudgeQQ because i dont want to have coulomb 14 in this pair and&nbsp; charges of both of them for the same reason. it seem to work because at the end i have a coulombic energy 1-4 at a reasonable price but the total energy is not correct.<br><br>Construct a toy example (minimal single molecule in vacuo?) that will let you trouble-shoot what you are doing by computing by hand what the energy should be. Compare with GROMACS with and without this extra [pairs].<br><br>Be sure your combination rule paradigm is what you want it to be.<br><br>Mark<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>please if someone can think smth answer me. The prices i get i can compare them with another researcher who did the same work with the use of monte  carlo. i am stucked for three months and i have read th manual over and and over again without result....<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font></td></tr></tbody></table>