Hello,<br>I build a system solvated in water .<br>Then replicated the system using genconf. Now when I am running grompp i am<br>getting following warning<br>Warning: atom name 404 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (N - C1)<br>
Warning: atom name 405 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (H1 - C2)<br>Warning: atom name 406 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (H2 - C3)<br>Warning: atom name 407 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (H3 - N4)<br>
Warning: atom name 408 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (CA - C5)<br>Warning: atom name 409 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (CB - C6)<br>Warning: atom name 410 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (CG - O7)<br>
Warning: atom name 411 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (OD1 - P8)<br>Warning: atom name 412 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (OD2 - O9)<br>Warning: atom name 413 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (C - O10)<br>
Warning: atom name 414 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (O - O11)<br>Warning: atom name 415 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (N - C12)<br>Warning: atom name 416 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (H - C13)<br>
Warning: atom name 417 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (CA - O14)<br>Warning: atom name 418 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (CB - C15)<br>Warning: atom name 419 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (C - O16)<br>
Warning: atom name 420 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (O - C17)<br>Warning: atom name 421 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (N - C18)<br>Warning: atom name 422 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (H - C19)<br>
Warning: atom name 423 in PH7.top and replicate_systemB.gro does not match (CA - C20)<br><br>and when after ignoring the warning I try to run system my system get distorted.<br><br><br>Thanks<br>vinod <br>