<DIV>Dear&nbsp;GMX users,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I want to calculate the relative binding free energy between a small molecule binding to a protein of Wild Type and Thr -&gt; Met using TI, so how should I prepare the&nbsp; topology files of the protein using for TI calculation? Any suggestions will be highly appreciated?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>All the best,</DIV>
<DIV>fancy</DIV>