<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div><div>Yes,</div>or inverse your sections from the index!&nbsp;<div><br><div><div>On Jun 5, 2010, at 10:10 AM, Anirban Ghosh wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div>Thanks XAvier and George for the reply. Yes the N and C terminus are on the opposite sides of the bilayer. So I can take the values of the even TMs as (180 - respective value), correct?<br><br>Regards,<br><br>Anirban<br><div id="avg_ls_inline_popup" style="position: absolute; z-index: 9999; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; margin-left: 0px; margin-top: 0px; width: 240px; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; word-wrap: break-word; color: black; font-size: 10px; text-align: left; line-height: 13px; visibility: hidden; display: inline; "></div><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 4, 2010 at 8:00 PM, George Khelashvili<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gek2009@med.cornell.edu">gek2009@med.cornell.edu</a>&gt;</span><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(204, 204, 204); margin-top: 0pt; margin-right: 0pt; margin-bottom: 0pt; margin-left: 0.8ex; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; ">Hi,<br><br>Your 150 degree angle is in reality 30 degrees (180-30). This is a matter of defining the vector representing your helix vs. the direction of the z axis. If your vector points in the opposite direction of the z axis, then your angle will be between 90 and 180 degrees.<br><br>George<div><div></div><div class="h5"><br><br>Anirban Ghosh wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(204, 204, 204); margin-top: 0pt; margin-right: 0pt; margin-bottom: 0pt; margin-left: 0.8ex; padding-left: 1ex; ">Hi ALL,<br><br>I am using g_angle to calculate the tilt of individual helix in a rhodopsin GPCR with respect to z axis. In the index file I am defining the top and bottom of each helix with first 4 and last 4 residues of that helix respectively. Strangely, I am getting the tilt angle of the odd helices like TM1, 3 and 5 in the range of 30 degrees, but the even helices TM2, 4 and 6 are giving value in the range of 150 degrees. But visual inspection of the simulation does not show such huge deviation. Why is it giving so? Am I doing anything wrong here? Any suggestion is welcome. Thanks a lot in advance.<br><br>Regards,<br><br>Anirban<br></blockquote><br><br></div></div>--<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br><font color="#888888">George Khelashvili, Ph.D.<br>Department of Physiology and Biophysics<br>Weill Medical College of Cornell University<br>1300 York Avenue, Room LC501<br>New York, NY, 10065, USA<br><a href="mailto:gek2009@med.cornell.edu" target="_blank">gek2009@med.cornell.edu</a><br>Phone: 1-212-746-6539<br>Fax: &nbsp; 1-212-746-6226</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><br>--<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br>--<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>www interface or send it to<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></span></blockquote></div><br></div></body></html>