Thanks a lot XAvier!<br><br>
<div class="gmail_quote">On Sat, Jun 5, 2010 at 2:10 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div style="WORD-WRAP: break-word">
<div><br></div>
<div>Yes,</div>or inverse your sections from the index!  
<div><br>
<div>
<div>
<div></div>
<div class="h5">
<div>On Jun 5, 2010, at 10:10 AM, Anirban Ghosh wrote:</div><br></div></div>
<blockquote type="cite"><span style="TEXT-TRANSFORM: none; TEXT-INDENT: 0px; BORDER-COLLAPSE: separate; FONT: medium Helvetica; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; COLOR: rgb(0,0,0); WORD-SPACING: 0px">
<div>
<div>
<div></div>
<div class="h5">Thanks XAvier and George for the reply. Yes the N and C terminus are on the opposite sides of the bilayer. So I can take the values of the even TMs as (180 - respective value), correct?<br><br>Regards,<br>
<br>Anirban<br>
<div style="TEXT-ALIGN: left; PADDING-BOTTOM: 0px; LINE-HEIGHT: 13px; OVERFLOW-X: hidden; OVERFLOW-Y: hidden; MARGIN-TOP: 0px; PADDING-LEFT: 0px; WIDTH: 240px; PADDING-RIGHT: 0px; DISPLAY: inline; WORD-WRAP: break-word; COLOR: black; MARGIN-LEFT: 0px; FONT-SIZE: 10px; PADDING-TOP: 0px">
</div><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Jun 4, 2010 at 8:00 PM, George Khelashvili<span> </span><span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gek2009@med.cornell.edu" target="_blank">gek2009@med.cornell.edu</a>&gt;</span><span> </span>wrote:<br>

<blockquote style="BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi,<br><br>Your 150 degree angle is in reality 30 degrees (180-30). This is a matter of defining the vector representing your helix vs. the direction of the z axis. If your vector points in the opposite direction of the z axis, then your angle will be between 90 and 180 degrees.<br>
<br>George 
<div>
<div></div>
<div><br><br>Anirban Ghosh wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi ALL,<br><br>I am using g_angle to calculate the tilt of individual helix in a rhodopsin GPCR with respect to z axis. In the index file I am defining the top and bottom of each helix with first 4 and last 4 residues of that helix respectively. Strangely, I am getting the tilt angle of the odd helices like TM1, 3 and 5 in the range of 30 degrees, but the even helices TM2, 4 and 6 are giving value in the range of 150 degrees. But visual inspection of the simulation does not show such huge deviation. Why is it giving so? Am I doing anything wrong here? Any suggestion is welcome. Thanks a lot in advance.<br>
<br>Regards,<br><br>Anirban<br></blockquote><br><br></div></div>--<span> </span><br><font color="#888888">George Khelashvili, Ph.D.<br>Department of Physiology and Biophysics<br>Weill Medical College of Cornell University<br>
1300 York Avenue, Room LC501<br>New York, NY, 10065, USA<br><a href="mailto:gek2009@med.cornell.edu" target="_blank">gek2009@med.cornell.edu</a><br>Phone: 1-212-746-6539<br>Fax:   1-212-746-6226</font> 
<div>
<div></div>
<div><br><br><br>--<span> </span><br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at<span> </span><a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><span> </span>before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to<span> </span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read<span> </span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br></div></div>--<span> </span> 
<div class="im"><br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at<span> </span><a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><span> </span>before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<span> </span><br>
www interface or send it to<span> </span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read<span> </span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div>
</div></span></blockquote></div><br></div></div><br>--<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>