<br><br>----- Original Message -----<br>From: Hassan Shallal &lt;hshallal@PACIFIC.EDU&gt;<br>Date: Saturday, June 5, 2010 13:52<br>Subject: [gmx-users] visualizing small molecule in a trajectory file .trr        and .gro using VMD<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Cc: vmd-l@mailhost.ks.uiuc.edu<br><br><span dir="ltr"><p> <meta content="text/html; charset=unicode" http-equiv="Content-Type"> <meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.7600.16535"><table><tbody><tr><td><p> </p><div><font color="#000000" face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Gromacs and VMD users.</font></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am trying to visualize a simulation in which a small molecule is interactiong with a protein in a water box. The simulation has been produced using gromacs. I am using VMD for that purpose. I use the .gro and the .xtc files to load the trajectory to the VMD. </font></div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>What's the problem then?</font></div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The problem is that I can't visualize anything in presence of water, so I need to have only&nbsp;the protein and the small moecule which is named UNK in the gro file, when I use selected atoms in the graphical representations in VMD to show the small molecule and I type UNK in the selected atoms, I get the following error message:</font>&nbsp;</div> <div><font color="#ff0000" face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>the atom selection you typed couldn't be understood</font></div> <div><font color="#0000ff" face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Does that mean that I will never be able to visualize the small molecule? </font></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&nbsp;</font><br>Not without understanding how selections work in VMD, which must be in their documentation (hint, hint). Probably you want to select "resname UNK" - but be sure you've done the VMD tutorials because I'm sure they illustrate this idea.<br><br></div> <div><font color="#000000" face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Either the <strong>protein alone</strong>&nbsp;or the <strong>whole solvated system</strong> can be visualized, but I can't visualize both the protein along with the small molecule without the water...Could that be because in the .mdp file, I have haad protein and nonprotein descriptions? and that's why VMD can't isolate the UNK from the water? I don't know...<br><br>VMD can do it, you just need to learn how to instruct it :-)<br><br>Mark</font></div></td></tr></tbody></table></p></span>