<br><br>----- Original Message -----<br>From: lists@jsx.dk<br>Date: Saturday, June 5, 2010 5:58<br>Subject: Re: [gmx-users] Extracting enthalpies during or after MD<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Thanks for the help Mark. Just to make sure I understand you <br>&gt; correctly, I<br>&gt; have a few comments/questions, see below...<br>&gt; <br>&gt; kind regards,<br>&gt; Jesper<br>&gt; <br>&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; From: lists@jsx.dk<br>&gt; &gt; Date: Friday, June 4, 2010 10:35<br>&gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] Extracting enthalpies during or after MD<br>&gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; Hi Mark,<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Thanks for the quick reply.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; The thing with the energy groups makes sense now. But I have <br>&gt; run into<br>&gt; &gt;&gt; another problem with the method...<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; The same atom cannot be in multiple energy groups during a <br>&gt; simulation.&gt;<br>&gt; &gt; It doesn't want to be... see manual 3.3<br>&gt; <br>&gt; And there is no way to force it to be, right?<br><br>Correct. The nonbonded loops tend to be (roughly) loops over energy groups over charge groups.<br><br>&gt; &gt;&gt; Let say that I want the interaction energy between water and lipid<br>&gt; &gt;&gt; head-group and also water and protein. Will I then have to do <br>&gt; "mdrun&gt;&gt; -rerun" to get all the energy group I want out of this?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; One (re)run will suffice unless you have large numbers of <br>&gt; groups. Consider<br>&gt; &gt; whether g_enemat is useful for you.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Using rerun will I be able to specify more energy groups, where <br>&gt; the same<br>&gt; atom can be in multiple groups? Else, I would have to run it several<br>&gt; times, right?<br><br>No. Read manual 3.3 carefully - "mutual interactions between all energy monitor groups are compiled during the simulations". So you can get protein-lipid-head-group and protein-solvent (and the other pairs, including self-self, unless you use energy group exclusions) merely by defining three non-intersecting energy groups.<br><br>&gt; Also, g_enemat is to post-process/analyse the numbers once I <br>&gt; have them<br>&gt; from a simulation, where I have extracted all the energy numbers <br>&gt; I want,<br>&gt; right?<br><br>Yes. g_enemat -h.<br><br>&gt; So if I cannot do it with one simulations (because some atoms <br>&gt; are part of<br>&gt; several different energy groups, then g_enemat won't work for my case,<br>&gt; correct?<br><br>You can do it with one invocation of mdrun, which is why I suggested that :-)<br><br>Mark<br><br>&gt; &gt;&gt; And does mdrun -rerun work on a parallel cluster?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Yes, it's exactly like mdrun, but derives the next positions <br>&gt; from the<br>&gt; &gt; trajectory, not from integration. If your groups are small, <br>&gt; then use of<br>&gt; &gt; energy group exclusions will make the problem small enough <br>&gt; that you don't<br>&gt; &gt; need parallelism, however.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Obviously these interaction energies won't mean anything if <br>&gt; you're using<br>&gt; &gt; PME, since the long-range term can't be decomposed.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt;&gt; &gt; From: lists@jsx.dk<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Date: Friday, June 4, 2010 8:47<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Subject: [gmx-users] Extracting enthalpies during or after MD<br>&gt; &gt;&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Hello,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; I am wondering if it is possible to output interaction<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; energies/enthalpiesduring an MD simulation between specific<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; groups of atoms.<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Yes. Look up "energy groups" in the manual.<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; The energies are all calculated anyways before the forces are<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; calculated,so I am wondering if there is an option to output<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; those energies to a<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; file?<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; They'll go to the .edr file and be accessible with (e.g.) <br>&gt; g_energy&gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; I saw someone on the list who had re-coded gromacs to <br>&gt; output these<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; energies, but this resulted in a significant slowdown of the<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; simulationbecause he made the code perform output in an <br>&gt; inner-loop.<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Yep, don't do that.<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; If this is not an option, is there a clever way to get these<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; numbers out<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; after having run the simulation. Essentially, what I want <br>&gt; is to<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; get the<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; enthalpy, between e.g. a PO4 head-group bead and a C1A <br>&gt; tail-bead<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; using the<br>&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Martini FF.<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; You can implement the above to happen during your simulation,<br>&gt; &gt;&gt; or use the<br>&gt; &gt;&gt; &gt; facility of mdrun -rerun on a previously computed trajectory<br>&gt; &gt;&gt; with a<br>&gt; &gt;&gt; &gt; suitable .tpr to recompute only the energies of the groups of<br>&gt; &gt;&gt; interest .<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; --<br>&gt; &gt;&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search<br>&gt; &gt;&gt; before posting!<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; --<br>&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search<br>&gt; &gt;&gt; before posting!<br>&gt; &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php