<div class="gmail_quote"><div><div>Dear Chris, I&#39;m so sorry for surperficial email. </div><div>You are correct because in the previous message </div><div>I forgot to mention that now the simulation was </div><div>performed in water (naturally with PBC). </div>
<div>The main parameters of the simulation are given below. </div><div>As I said, I wish to keep the displacement of the pulled molecule at </div><div>the z-axis, but I&#39;m not getting with this protocol.</div><div><br>
</div><div>For the vacuum I followed the tips you gave me earlier and had success! Thanks</div><div>eef</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>title<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= Umbrella pulling simulation </div>
<div>integrator<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= sd</div><div>dt<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 0.002</div><div>nsteps<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 3000000<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span> </div>
<div>constraint_algorithm <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= lincs</div><div>constraints<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= all-bonds</div><div>nstlist<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 5</div>
<div>ns_type<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= simple </div><div>rlist<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 1.2</div><div>rcoulomb<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 1.2</div>
<div>rvdw<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 1.2</div><div>coulombtype<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= Cut-off</div><div>Tcoupl<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span> <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= V-rescale</div>
<div>tc_grps<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= system</div><div>tau_t<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 0.1 </div><div>ref_t<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 298 </div>
<div>Pcoupl<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= no</div><div>pcoupltype<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= isotropic</div><div>tau_p<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 1.0<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span></div>
<div>compressibility<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 4.5e-5</div><div>ref_p<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 1.0</div><div>pbc<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= xyz</div>
<div><br></div><div>; Pull code</div><div>pull<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= umbrella</div><div>pull_geometry<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= direction<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span></div>
<div>pull_dim<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= N N Y</div><div>pull_start<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= yes<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span></div>
<div>pull_ngroups<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 1</div><div>pull_group0<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= BEN1</div><div>pull_group1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= BEN2</div>
<div>pull_vec1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 0 0 1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span></div><div>pull_rate1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 0.001 <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span></div>
<div>pull_k1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 1600<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span></div><div><br></div><div> </div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Message: 4<br>
Date: Tue, 08 Jun 2010 08:05:23 -0400<br>
From: <a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a><br>
Subject: [gmx-users] PMF in vacuum and pull direction<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:20100608080523.i6oo62he1wwc0wkg@webmail.utoronto.ca">20100608080523.i6oo62he1wwc0wkg@webmail.utoronto.ca</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain;       charset=ISO-8859-1;     DelSp=&quot;Yes&quot;;<br>
        format=&quot;flowed&quot;<br>
<br>
Dear Eudes:<br>
<br>
You can make my job a whole lot easier! First, please go back through<br>
all of the comments that I gave you last time and reply to them one by<br>
one. Did you do them? What did you see? Second, please include your<br>
new .mdp and some quantitative results to better explain what you see<br>
(e.g. your .px file and a description of why the values are not what<br>
you expect).<br>
<br>
Sorry if this sounds annoying, but there&#39;s no point in my working in the dark.<br>
<br>
Chris.<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
Hello Chris, thanks for the tips, they were very helpful.<br>
Now a new problem appeared. I&#39;m trying to separate the<br>
two benzene molecules from one another while maintaining<br>
the displacement vector aligned with the z axis. For that I<br>
have used &quot;pull_geometry = direction&quot;. However, at the end of the<br>
simulation, I notice that the desired alignment (with z) was<br>
not maintained. The molecule is pulled away from z and eventually<br>
crosses the PBC. I took a good look at gmx-list and noticed<br>
that you rode conducting tests with this option. Could you give<br>
me a light on this problem too? Grateful<br>
eef<br>
_______________________________________<br>
Eudes Eterno Fileti<br>
Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>
Universidade Federal do ABC — CCNH<br>
Av. dos Estados, 5001<br>
Santo André - SP - Brasil<br>
CEP 09210-971<br>
+55.11.4996-0196<br>
<a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
<br><br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 27 May 2010 12:12:03 -0400<br>
From: <a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a><br>
Subject: [gmx-users] PMF in vacuum<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:20100527121203.orb2sq228s4ow0wg@webmail.utoronto.ca">20100527121203.orb2sq228s4ow0wg@webmail.utoronto.ca</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain;       charset=ISO-8859-1;     DelSp=&quot;Yes&quot;;<br>
         format=&quot;flowed&quot;<br>
<br>
Dear Eudes:<br>
To answer your pbc vs no-pbc question, I suggest that you use pbc=no<br>
and set nstlist=0 rlist=0 rvdw=0 rcoulomb=0 so that you calculate all<br>
interactions in direct space with no cutoffs.<br>
<br>
## Major comments that you should still investigate<br>
<br>
1. There is no need to use a virtual atom, the pull code will use the<br>
center of mass. I strongly suggest that you stop using a virtual atom<br>
and just use the entire benzene as an argument to the pull code group.<br>
I have had difficulties with slightly more complicated setups of this<br>
type.<br>
<br>
2. In test2.jpg, the system without pbc shows a flat PMF after the<br>
cut-off -- exactly what one would expect. The pbc system shows<br>
continued interaction -- again what I would expect. So there is<br>
nothing actually all that strange here. One would not expect to see<br>
such a drastic difference in a high dielectric such as water, but in<br>
vacuum I suspect that this is expected.<br>
<br>
3. Please clarify what your cutoff was. I don&#39;t see a cut-off listed<br>
in your .mdp options and leaving this to the default of 1.0 nm is a<br>
bad idea because it can lead to confusion a times like this. I might<br>
assume that it was 0.7 nm based on test2.jpg, but then see the point<br>
#3 below.<br>
<br>
4a. I have no idea what -DPOSRES is actually doing for you since I<br>
can&#39;t see your topology.<br>
<br>
4b. Are you sure that &quot;pull_dim = N N Y&quot; is really what you want?<br>
Sometimes one wants to average over X and Y, but I am not sure that<br>
you do in this case.<br>
<br>
4c. What exactly do you believe pull_r0 and pull_r1 are doing for you?<br>
<br>
### More minor notes:<br>
<br>
5. regarding test1.jpg: a PMF is correct to an additive constant,<br>
meaning that you can shift two PMFs relative to one another. These 2<br>
PMFs are therefore less different than they appear in your compaison<br>
plot, but they do differ in the slope between 1.0 - 2.0 nm. This is<br>
probably just a convergence issue and you will always need to do tests<br>
like this.<br>
<br>
6. regarding histo.png: can you confirm that the few very short<br>
gaussians are due to less sampling in a few windows? In any event, the<br>
overlap looks good.<br>
<br>
Chris<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
Hello Chris, thanks for your attention.<br>
I&#39;m sending you some links to some tests<br>
I performed. As I said you will notice that<br>
depending on the parameter used my simulation<br>
shows PMF profiles quite different. Especially what<br>
concerns to the difference between the use or not of the PBC.<br>
<br>
<a href="https://sites.google.com/site/fileti/files/test1.jpg" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/files/test1.jpg</a><br>
<a href="https://sites.google.com/site/fileti/files/test2.jpg" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/files/test2.jpg</a><br>
<a href="https://sites.google.com/site/fileti/files/histo.png" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/files/histo.png</a><br>
<br>
I have constructed two very similar topologies (ben-a.itp and ben-b.itp)<br>
where I put a virtual site in the center of benzene.<br>
This sites were restrained to keep my molecules<br>
fixed distance desired.<br>
<br>
The basic details of the simulations are given below:1000<br>
<br>
define                   = -DPOSRES<br>
integrator               = sd<br>
tinit                    = 0<br>
dt                       = 0.002<br>
nsteps                   = 5000000 or 500000<br>
comm-mode                = angular<br>
nstcomm                  = 1<br>
comm-grps                = System<br>
bd-fric                  = 1<br>
ld-seed                  = 1993<br>
nstlist                  = 5<br>
ns_type                  = simple<br>
pbc                      = no or xyz<br>
periodic_molecules       = no<br>
rlist                    = 0<br>
coulombtype              = Cut-off<br>
vdw-type                 = Cut-off<br>
rvdw                     = 0<br>
DispCorr                 = no<br>
Tcoupl                   = Nose-Hoover<br>
tc_grps                  = system<br>
tau_t                    = 0.1<br>
ref_t                    = 300<br>
Pcoupl                   = no<br>
pcoupltype               = isotropic<br>
tau_p                    = 1.0<br>
compressibility          = 4.5e-5<br>
ref_p                    = 1.0<br>
constraints              = all-bonds<br>
constraint_algorithm     = lincs<br>
<br>
; COM PULLING<br>
pull                     = umbrella<br>
pull_geometry            = distance<br>
pull_dim                 = N N Y<br>
pull_r1                  = 1<br>
pull_r0                  = 1.5<br>
pull_constr_tol          = 1e-06<br>
pull_start               = yes<br>
pull_nstxout             = 10<br>
pull_nstfout             = 10<br>
pull_ngroups             = 1<br>
pull_group0              = BENa<br>
pull_weights0            =<br>
pull_pbcatom0            = 0<br>
pull_group1              = BENb<br>
pull_weights1            =<br>
pull_pbcatom1            = 0<br>
pull_vec1                = 0 0 1<br>
pull_init1               = 0<br>
pull_rate1               = 0.0<br>
pull_k1                  = 1700 or<br>
<br><br></blockquote></div>