<div>Hello Chris, thanks for the reply. Below his message commented walkthrough. </div><div>In your email you asked me for quantitative results. All I have so far is </div><div>a visual inspection of the pulling trajectory. All I can see are </div>
<div>the two molecules moving linearly away from each other in a rectangular box </div><div>of dimensions 3x3x6nm. However this separation does not occur on the z axis, </div><div>as I wanted, but in a diagonal way across the faces of the box.</div>
<div><br></div><div>Bests</div><div>eef</div><div><br></div><div>&gt; 1. There is no need to use a virtual atom, the pull code will use the</div><div>&gt; center of mass. I strongly suggest that you stop using a virtual atom</div>
<div>&gt; and just use the entire benzene as an argument to the pull code group.</div><div>&gt; I have had difficulties with slightly more complicated setups of this</div><div>&gt; type.</div><div><br></div><div>Ok, now I&#39;m using only the center of mass of the molecules, no virtual sites.</div>
<div><br></div><div>&gt; 2. In test2.jpg, the system without pbc shows a flat PMF after the</div><div>&gt; cut-off -- exactly what one would expect. The pbc system shows</div><div>&gt; continued interaction -- again what I would expect. So there is</div>
<div>&gt; nothing actually all that strange here. One would not expect to see</div><div>&gt; such a drastic difference in a high dielectric such as water, but in</div><div>&gt; vacuum I suspect that this is expected.</div>
<div><br></div><div>Alright! In fact the well of both PMFs are not so different.</div><div><br></div><div>&gt; 3. Please clarify what your cutoff was. I don&#39;t see a cut-off listed</div><div>&gt; in your .mdp options and leaving this to the default of 1.0 nm is a</div>
<div>&gt; bad idea because it can lead to confusion a times like this. I might</div><div>&gt; assume that it was 0.7 nm based on test2.jpg, but then see the point</div><div>&gt; #3 below.</div><div><br></div><div>Apesar de eu nao ter incluido o valor do cutoff na mensagem anterior </div>
<div>eu usei 1.2 nm</div><div>Although I have not included the cutoff value in previous message</div><div>I used it as 1.2 nm.</div><div><br></div><div>&gt; 4a. I have no idea what -DPOSRES is actually doing for you since I</div>
<div>&gt; can&#39;t see your topology.</div><div><br></div><div>A ideia de usar POSRES se referia ao emprego dos sitios virtuais.</div><div>Assim eu restringia a distancia das moleculas atraves da restricao do</div><div>sitios virtuais sobre seus centros.</div>
<div>The idea of using POSRES is referred to the employment of the virtual sites.</div><div>So I restricted the distance of molecules by restricting virtual sites </div><div>on their centers.</div><div><br></div><div>&gt;</div>
<div>&gt; 4b. Are you sure that &quot;pull_dim = N N Y&quot; is really what you want?</div><div>&gt; Sometimes one wants to average over X and Y, but I am not sure that</div><div>&gt; you do in this case.</div><div><br></div>
<div>I want to separate the two molecules from one another so that the</div><div>displacement is restricted to the z axis. I can be wrong,</div><div>but I think to do it in water, using PBC, I should use the </div><div>components distance (N N Y ) with direction geometry to get a </div>
<div>pulling in a direction z! Please correct me if it is wrong.</div><div><br></div><div>&gt; 4c. What exactly do you believe pull_r0 and pull_r1 are doing for you?</div><div><br></div><div>Here they are worthless, because I have not used the option &quot;cylinder&quot;. </div>
<div>I should have removed these options from the original message.</div><div><br></div><div>&gt; ### More minor notes:</div><div>&gt;</div><div>&gt; 5. regarding test1.jpg: a PMF is correct to an additive constant,</div>
<div>&gt; meaning that you can shift two PMFs relative to one another. These 2</div><div>&gt; PMFs are therefore less different than they appear in your compaison</div><div>&gt; plot, but they do differ in the slope between 1.0 - 2.0 nm. This is</div>
<div>&gt; probably just a convergence issue and you will always need to do tests</div><div>&gt; like this.</div><div><br></div><div>Surely.</div><div><br></div><div>&gt; 6. regarding histo.png: can you confirm that the few very short</div>
<div>&gt; gaussians are due to less sampling in a few windows? In any event, the</div><div>&gt; overlap looks good.</div><div><br></div><div>Yes, there were two histograms whose simulations had crashed for some reason.</div>
<div>It was corrected.</div>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC — CCNH<br>Av. dos Estados, 5001<br>Santo André - SP - Brasil<br>
CEP 09210-971<br>+55.11.4996-0196<br><a href="http://fileti.ufabc.edu.br">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
   4. PMF in vacuum and pull direction (<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>)<br>
<br><br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Tue, 08 Jun 2010 12:14:34 -0400<br>
From: <a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a><br>
Subject: [gmx-users] PMF in vacuum and pull direction<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:20100608121434.u6rhqhz400gc8cg8@webmail.utoronto.ca">20100608121434.u6rhqhz400gc8cg8@webmail.utoronto.ca</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain;       charset=ISO-8859-1;     DelSp=&quot;Yes&quot;;<br>
        format=&quot;flowed&quot;<br>
<br>
Dear Eudes:<br>
<br>
This is better, but I&#39;m afraid that I&#39;m going to have to insist on<br>
getting everything I asked for. Please see my previous message.<br>
<br>
Chris.<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
Dear Chris, I&#39;m so sorry for surperficial email.<br>
You are correct because in the previous message<br>
I forgot to mention that now the simulation was<br>
performed in water (naturally with PBC).<br>
The main parameters of the simulation are given below.<br>
As I said, I wish to keep the displacement of the pulled molecule at<br>
the z-axis, but I&#39;m not getting with this protocol.<br>
<br>
For the vacuum I followed the tips you gave me earlier and had success!<br>
Thanks<br>
eef<br>
<br>
<br>
<br>
title = Umbrella pulling simulation<br>
integrator = sd<br>
dt = 0.002<br>
nsteps = 3000000<br>
constraint_algorithm = lincs<br>
constraints = all-bonds<br>
nstlist = 5<br>
ns_type = simple<br>
rlist = 1.2<br>
rcoulomb = 1.2<br>
rvdw = 1.2<br>
coulombtype = Cut-off<br>
Tcoupl  = V-rescale<br>
tc_grps = system<br>
tau_t = 0.1<br>
ref_t = 298<br>
Pcoupl = no<br>
pcoupltype = isotropic<br>
tau_p = 1.0<br>
compressibility = 4.5e-5<br>
ref_p = 1.0<br>
pbc = xyz<br>
<br>
; Pull code<br>
pull = umbrella<br>
pull_geometry = direction<br>
pull_dim = N N Y<br>
pull_start = yes<br>
pull_ngroups = 1<br>
pull_group0 = BEN1<br>
pull_group1 = BEN2<br>
pull_vec1 = 0 0 1<br>
pull_rate1 = 0.001<br>
pull_k1 = 1600<br>
<br>
<br>
<br>
&gt; Message: 4<br>
&gt; Date: Tue, 08 Jun 2010 08:05:23 -0400<br>
&gt; From: chris.neale at <a href="http://utoronto.ca" target="_blank">utoronto.ca</a><br>
&gt; Subject: [gmx-users] PMF in vacuum and pull direction<br>
&gt; To: gmx-users at <a href="http://gromacs.org" target="_blank">gromacs.org</a><br>
&gt; Message-ID: &lt;20100608080523.i6oo62he1wwc0wkg at <a href="http://webmail.utoronto.ca" target="_blank">webmail.utoronto.ca</a>&gt;<br>
&gt; Content-Type: text/plain;       charset=ISO-8859-1;     DelSp=&quot;Yes&quot;;<br>
&gt;        format=&quot;flowed&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; Dear Eudes:<br>
&gt;<br>
&gt; You can make my job a whole lot easier! First, please go back through<br>
&gt; all of the comments that I gave you last time and reply to them one by<br>
&gt; one. Did you do them? What did you see? Second, please include your<br>
&gt; new .mdp and some quantitative results to better explain what you see<br>
&gt; (e.g. your .px file and a description of why the values are not what<br>
&gt; you expect).<br>
&gt;<br>
&gt; Sorry if this sounds annoying, but there&#39;s no point in my working in the<br>
&gt; dark.<br>
&gt;<br>
&gt; Chris.<br>
&gt;<br>
&gt; -- original message --<br>
&gt;<br>
&gt; Hello Chris, thanks for the tips, they were very helpful.<br>
&gt; Now a new problem appeared. I&#39;m trying to separate the<br>
&gt; two benzene molecules from one another while maintaining<br>
&gt; the displacement vector aligned with the z axis. For that I<br>
&gt; have used &quot;pull_geometry = direction&quot;. However, at the end of the<br>
&gt; simulation, I notice that the desired alignment (with z) was<br>
&gt; not maintained. The molecule is pulled away from z and eventually<br>
&gt; crosses the PBC. I took a good look at gmx-list and noticed<br>
&gt; that you rode conducting tests with this option. Could you give<br>
&gt; me a light on this problem too? Grateful<br>
&gt; eef<br>
&gt; _______________________________________<br>
&gt; Eudes Eterno Fileti<br>
&gt; Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>
&gt; Universidade Federal do ABC ? CCNH<br>
&gt; Av. dos Estados, 5001<br>
&gt; Santo André - SP - Brasil<br>
&gt; CEP 09210-971<br>
&gt; +55.11.4996-0196<br>
&gt; <a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Message: 2<br>
&gt; Date: Thu, 27 May 2010 12:12:03 -0400<br>
&gt; From: chris.neale at <a href="http://utoronto.ca" target="_blank">utoronto.ca</a><br>
&gt; Subject: [gmx-users] PMF in vacuum<br>
&gt; To: gmx-users at <a href="http://gromacs.org" target="_blank">gromacs.org</a><br>
&gt; Message-ID: &lt;20100527121203.orb2sq228s4ow0wg at <a href="http://webmail.utoronto.ca" target="_blank">webmail.utoronto.ca</a>&gt;<br>
&gt; Content-Type: text/plain;       charset=ISO-8859-1;     DelSp=&quot;Yes&quot;;<br>
&gt;         format=&quot;flowed&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; Dear Eudes:<br>
&gt; To answer your pbc vs no-pbc question, I suggest that you use pbc=no<br>
&gt; and set nstlist=0 rlist=0 rvdw=0 rcoulomb=0 so that you calculate all<br>
&gt; interactions in direct space with no cutoffs.<br>
&gt;<br>
&gt; ## Major comments that you should still investigate<br>
&gt;<br>
&gt; 1. There is no need to use a virtual atom, the pull code will use the<br>
&gt; center of mass. I strongly suggest that you stop using a virtual atom<br>
&gt; and just use the entire benzene as an argument to the pull code group.<br>
&gt; I have had difficulties with slightly more complicated setups of this<br>
&gt; type.<br>
&gt;<br>
&gt; 2. In test2.jpg, the system without pbc shows a flat PMF after the<br>
&gt; cut-off -- exactly what one would expect. The pbc system shows<br>
&gt; continued interaction -- again what I would expect. So there is<br>
&gt; nothing actually all that strange here. One would not expect to see<br>
&gt; such a drastic difference in a high dielectric such as water, but in<br>
&gt; vacuum I suspect that this is expected.<br>
&gt;<br>
&gt; 3. Please clarify what your cutoff was. I don&#39;t see a cut-off listed<br>
&gt; in your .mdp options and leaving this to the default of 1.0 nm is a<br>
&gt; bad idea because it can lead to confusion a times like this. I might<br>
&gt; assume that it was 0.7 nm based on test2.jpg, but then see the point<br>
&gt; #3 below.<br>
&gt;<br>
&gt; 4a. I have no idea what -DPOSRES is actually doing for you since I<br>
&gt; can&#39;t see your topology.<br>
&gt;<br>
&gt; 4b. Are you sure that &quot;pull_dim = N N Y&quot; is really what you want?<br>
&gt; Sometimes one wants to average over X and Y, but I am not sure that<br>
&gt; you do in this case.<br>
&gt;<br>
&gt; 4c. What exactly do you believe pull_r0 and pull_r1 are doing for you?<br>
&gt;<br>
&gt; ### More minor notes:<br>
&gt;<br>
&gt; 5. regarding test1.jpg: a PMF is correct to an additive constant,<br>
&gt; meaning that you can shift two PMFs relative to one another. These 2<br>
&gt; PMFs are therefore less different than they appear in your compaison<br>
&gt; plot, but they do differ in the slope between 1.0 - 2.0 nm. This is<br>
&gt; probably just a convergence issue and you will always need to do tests<br>
&gt; like this.<br>
&gt;<br>
&gt; 6. regarding histo.png: can you confirm that the few very short<br>
&gt; gaussians are due to less sampling in a few windows? In any event, the<br>
&gt; overlap looks good.<br>
&gt;<br>
&gt; Chris<br>
&gt;<br>
&gt; -- original message --<br>
&gt;<br>
&gt; Hello Chris, thanks for your attention.<br>
&gt; I&#39;m sending you some links to some tests<br>
&gt; I performed. As I said you will notice that<br>
&gt; depending on the parameter used my simulation<br>
&gt; shows PMF profiles quite different. Especially what<br>
&gt; concerns to the difference between the use or not of the PBC.<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="https://sites.google.com/site/fileti/files/test1.jpg" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/files/test1.jpg</a><br>
&gt; <a href="https://sites.google.com/site/fileti/files/test2.jpg" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/files/test2.jpg</a><br>
&gt; <a href="https://sites.google.com/site/fileti/files/histo.png" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/files/histo.png</a><br>
&gt;<br>
&gt; I have constructed two very similar topologies (ben-a.itp and ben-b.itp)<br>
&gt; where I put a virtual site in the center of benzene.<br>
&gt; This sites were restrained to keep my molecules<br>
&gt; fixed distance desired.<br>
&gt;<br>
&gt; The basic details of the simulations are given below:1000<br>
&gt;<br>
&gt; define                   = -DPOSRES<br>
&gt; integrator               = sd<br>
&gt; tinit                    = 0<br>
&gt; dt                       = 0.002<br>
&gt; nsteps                   = 5000000 or 500000<br>
&gt; comm-mode                = angular<br>
&gt; nstcomm                  = 1<br>
&gt; comm-grps                = System<br>
&gt; bd-fric                  = 1<br>
&gt; ld-seed                  = 1993<br>
&gt; nstlist                  = 5<br>
&gt; ns_type                  = simple<br>
&gt; pbc                      = no or xyz<br>
&gt; periodic_molecules       = no<br>
&gt; rlist                    = 0<br>
&gt; coulombtype              = Cut-off<br>
&gt; vdw-type                 = Cut-off<br>
&gt; rvdw                     = 0<br>
&gt; DispCorr                 = no<br>
&gt; Tcoupl                   = Nose-Hoover<br>
&gt; tc_grps                  = system<br>
&gt; tau_t                    = 0.1<br>
&gt; ref_t                    = 300<br>
&gt; Pcoupl                   = no<br>
&gt; pcoupltype               = isotropic<br>
&gt; tau_p                    = 1.0<br>
&gt; compressibility          = 4.5e-5<br>
&gt; ref_p                    = 1.0<br>
&gt; constraints              = all-bonds<br>
&gt; constraint_algorithm     = lincs<br>
&gt;<br>
&gt; ; COM PULLING<br>
&gt; pull                     = umbrella<br>
&gt; pull_geometry            = distance<br>
&gt; pull_dim                 = N N Y<br>
&gt; pull_r1                  = 1<br>
&gt; pull_r0                  = 1.5<br>
&gt; pull_constr_tol          = 1e-06<br>
&gt; pull_start               = yes<br>
&gt; pull_nstxout             = 10<br>
&gt; pull_nstfout             = 10<br>
&gt; pull_ngroups             = 1<br>
&gt; pull_group0              = BENa<br>
&gt; pull_weights0            =<br>
&gt; pull_pbcatom0            = 0<br>
&gt; pull_group1              = BENb<br>
&gt; pull_weights1            =<br>
&gt; pull_pbcatom1            = 0<br>
&gt; pull_vec1                = 0 0 1<br>
&gt; pull_init1               = 0<br>
&gt; pull_rate1               = 0.0<br>
&gt; pull_k1                  = 1700 or<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 74, Issue 53<br>
*****************************************<br>
</font></blockquote></div><br>